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- PDB-3zr6: STRUCTURE OF GALACTOCEREBROSIDASE FROM MOUSE IN COMPLEX WITH GALACTOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zr6
タイトルSTRUCTURE OF GALACTOCEREBROSIDASE FROM MOUSE IN COMPLEX WITH GALACTOSE
要素GALACTOCEREBROSIDASE
キーワードHYDROLASE / GALC / GLYCOSYL HYDROLASE / KRABBE DISEASE / TIM BARREL / LECTIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / myelination / lysosome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 59, central domain / Glycosyl hydrolase family 59 central domain / Glycoside hydrolase, family 59 / : / Galactocerebrosidase, C-terminal lectin domain / : / Glycosyl hydrolase family 59 / Exo-inulinase; domain 1 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases ...Glycosyl hydrolase family 59, central domain / Glycosyl hydrolase family 59 central domain / Glycoside hydrolase, family 59 / : / Galactocerebrosidase, C-terminal lectin domain / : / Glycosyl hydrolase family 59 / Exo-inulinase; domain 1 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Galactocerebrosidase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Deane, J.E. / Graham, S.C. / Kim, N.N. / Stein, P.E. / Mcnair, R. / Cachon-Gonzalez, M.B. / Cox, T.M. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Insights Into Krabbe Disease from Structures of Galactocerebrosidase.
著者: Deane, J.E. / Graham, S.C. / Kim, N.N. / Stein, P.E. / Mcnair, R. / Cachon-Gonzalez, M.B. / Cox, T.M. / Read, R.J.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: DSSP OUTPUT MODIFIED BY AUTHOR
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GALACTOCEREBROSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4217
ポリマ－74,7481
非ポリマー1,6746
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.548, 249.548, 77.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GALACTOCEREBROSIDASE / GALCERASE / GALACTOCEREBROSIDE BETA-GALACTOSIDASE / GALACTOSYLCERAMIDASE / GALACTOSYLCERAMIDE BETA- ...GALCERASE / GALACTOCEREBROSIDE BETA-GALACTOSIDASE / GALACTOSYLCERAMIDASE / GALACTOSYLCERAMIDE BETA-GALACTOSIDASE


分子量: 74747.906 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 40-684 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FRAGMENT CORRESPONDS TO RESIDUES 25-668 BASED ON NUMBERING STARTING AT SECOND UNIPROT INITIATION SITE
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PSECTAG2B / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P54818, galactosylceramidase

-
糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 140分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): THE LAST 3 NUMBERS MATCH THE ASN RESIDUE THEY ARE LINKED TO. THE ...N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): THE LAST 3 NUMBERS MATCH THE ASN RESIDUE THEY ARE LINKED TO. THE GLYCANS ARE THEN NUMBERED ACCORDING TO THEIR POSITION DISTANT FROM THE ATTACHED ASN.
配列の詳細TWO DIFFERENT START SITES ARE PRESENT IN MOUSE GALC, WE HAVE USED THE SECOND START SITE (TO MATCH ...TWO DIFFERENT START SITES ARE PRESENT IN MOUSE GALC, WE HAVE USED THE SECOND START SITE (TO MATCH THE LITERATURE) WHICH IS M17 IN THE UNIPROT ENTRY. THE FULL CONSTRUCT CONTAINED A SECRETION TAG (THAT WAS CLEAVED A HIS TAG AND A FACTOR XA SITE WHICH WERE NOT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.8, 34% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→72.91 Å / Num. obs: 34204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 40.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZR5

3zr5


解像度: 2.44→62.953 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 3369 5.1 %
Rwork0.1775 --
obs0.1797 66636 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.068 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9829 Å20 Å20 Å2
2--3.9829 Å20 Å2
3----7.9657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→62.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 108 139 5383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.337390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5621910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.47490.38431520.32832603X-RAY DIFFRACTION99
2.4749-2.51180.35061540.31832668X-RAY DIFFRACTION100
2.5118-2.55110.37391490.30452610X-RAY DIFFRACTION100
2.5511-2.59290.2871320.2812650X-RAY DIFFRACTION100
2.5929-2.63760.26811410.25082639X-RAY DIFFRACTION100
2.6376-2.68560.24261550.24332683X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-2.73720.28891520.22412581X-RAY DIFFRACTION100
2.7372-2.79310.34531460.24422641X-RAY DIFFRACTION100
2.7931-2.85390.27191480.23452647X-RAY DIFFRACTION100
2.8539-2.92020.3071190.21752656X-RAY DIFFRACTION100
2.9202-2.99330.22231490.19822662X-RAY DIFFRACTION100
2.9933-3.07420.21791160.2012650X-RAY DIFFRACTION100
3.0742-3.16470.24911210.19442661X-RAY DIFFRACTION100
3.1647-3.26680.23741720.19662637X-RAY DIFFRACTION100
3.2668-3.38360.22851470.19622619X-RAY DIFFRACTION100
3.3836-3.5190.27221110.19052669X-RAY DIFFRACTION100
3.519-3.67920.24481350.1772646X-RAY DIFFRACTION99
3.6792-3.87310.20171540.15612620X-RAY DIFFRACTION99
3.8731-4.11570.19651580.1362595X-RAY DIFFRACTION99
4.1157-4.43340.15461150.12262655X-RAY DIFFRACTION99
4.4334-4.87940.17221270.11332613X-RAY DIFFRACTION99
4.8794-5.58510.16751350.14052608X-RAY DIFFRACTION98
5.5851-7.03520.20251560.16192602X-RAY DIFFRACTION98
7.0352-62.97430.14631250.13522652X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83260.03-0.29370.29980.10490.22660.13460.32820.3442-0.3227-0.0518-0.3023-0.28990.23680.02790.623-0.24070.18760.76170.1720.431490.3814109.99121.5876
20.9378-0.17540.23460.68270.05870.49270.09860.14390.0728-0.0401-0.0503-0.0971-0.22160.3024-0.0270.2743-0.17590.00730.36160.00490.193374.801599.438422.2689
30.88580.2467-0.12950.25880.2120.34260.0980.13350.1323-0.03430.0963-0.1216-0.09940.0935-0.09250.4468-0.3235-0.01130.85490.07320.555498.3001104.939627.1342
41.1666-0.09590.45141.1014-0.29341.00020.1792-0.3462-0.21040.2879-0.0329-0.15520.08340.3911-0.14320.3103-0.1039-0.13570.5290.05770.302982.71277.952943.5122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 25:40 OR RESSEQ 338:452)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 41:337
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 453:471
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 472:668

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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