PDB-3zqs: Human FANCL central domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zqs

タイトル

Human FANCL central domain

要素

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

キーワード

LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Fanconi anaemia nuclear complex / gamete generation / protein monoubiquitination / interstrand cross-link repair / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hodson, C. / Cole, A.R. / Purkiss-Trew, A. / Walden, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Human Fancl, the E3 Ligase in the Fanconi Anemia Pathway.
著者: Hodson, C. / Cole, A.R. / Lewis, L.P. / Miles, J.A. / Purkiss-Trew, A. / Walden, H.

履歴

登録	2011年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月3日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zqs.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zqs.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zqs_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zqs_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3zqs_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	3zqs_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k1lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c16-d 4csy-d 5mhm-d 2grm-d 5mho-d 5jtw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

ヘテロ分子

45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

ヘテロ分子

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.600, 102.520, 65.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 113:154 OR RESSEQ 162:172 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 113:154 OR RESSEQ 162:172 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.359851, 0.270783, 0.892852), (0.225071, -0.953891, 0.198583), (0.905456, 0.129494, -0.404204)
ベクター: -48.1818, 4.62347, 71.3414)

#1: タンパク質	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL / FANCL / FANCONI ANEMIA GROUP L PROTEIN / FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED POLYPEPTIDE OF 43 KDA / FAAP43 分子量: 21105.090 Da / 分子数: 2 / 断片: URD, RESIDUES 109-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NW38, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.2M L-PROLINE, 0.1M SODIUM TRI CITRATE PH5.5, 2% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45 Å / Num. obs: 103454 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.91
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K1L, DRWD DOMAIN

3k1l

解像度: 2→44.265 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	5311	5.1 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.1845	103453	79.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.034 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5321 Å²	0 Å²	-5.5817 Å²
2-	-	4.4854 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2970	0	121	413	3504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3287
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	4464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.786	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	559

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	785	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	785	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3439	163	0.3226	2992	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0227-2.0465	0.328	155	0.3132	3124	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0465-2.0715	0.3281	147	0.3017	2999	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0715-2.0977	0.2987	179	0.2793	3060	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0977-2.1253	0.2941	174	0.2731	3086	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1253-2.1544	0.2841	153	0.2544	3034	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1544-2.1852	0.2641	168	0.2543	3094	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1852-2.2178	0.2777	175	0.2542	3033	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2178-2.2525	0.2931	136	0.243	3149	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2525-2.2894	0.2443	194	0.2422	2976	X-RAY DIFFRACTION	74
2.2894-2.3289	0.2959	133	0.2299	3065	X-RAY DIFFRACTION	74
2.3289-2.3712	0.2324	145	0.2331	3128	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3712-2.4168	0.2567	211	0.2293	3055	X-RAY DIFFRACTION	75
2.4168-2.4661	0.2645	166	0.2279	3062	X-RAY DIFFRACTION	75
2.4661-2.5198	0.2902	167	0.2168	3078	X-RAY DIFFRACTION	75
2.5198-2.5784	0.2289	157	0.2107	3106	X-RAY DIFFRACTION	75
2.5784-2.6428	0.2222	161	0.1907	3127	X-RAY DIFFRACTION	75
2.6428-2.7143	0.1973	165	0.193	3068	X-RAY DIFFRACTION	75
2.7143-2.7942	0.221	160	0.1869	3040	X-RAY DIFFRACTION	74
2.7942-2.8843	0.2463	146	0.1889	3108	X-RAY DIFFRACTION	75
2.8843-2.9874	0.2139	172	0.1875	3079	X-RAY DIFFRACTION	75
2.9874-3.107	0.1955	165	0.1821	3055	X-RAY DIFFRACTION	74
3.107-3.2483	0.1953	155	0.1788	3032	X-RAY DIFFRACTION	74
3.2483-3.4195	0.2119	204	0.1745	3684	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4195-3.6337	0.2073	217	0.1772	3971	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6337-3.9141	0.1596	218	0.1609	4042	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9141-4.3077	0.1775	223	0.1328	4024	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3077-4.9303	0.1436	233	0.1295	4001	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9303-6.2089	0.1787	234	0.1504	3976	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2089-44.2754	0.1885	235	0.1743	3894	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2256	0.032	-0.1568	0.2602	-0.0989	0.1954	-0.0467	0.0593	-0.105	0.0746	0.0165	-0.0322	-0.0151	-0.0767	0.0157	0.2016	-0.0091	0.0094	0.1688	-0.0136	0.2042	-59.6149	-1.5948	2.6673
2	0.0202	0.0446	-0.0122	0.0816	-0.0161	0.0309	0.0237	0.0111	-0.0447	0.0548	-0.0268	-0.029	-0.0253	0.0376	0.0156	0.1536	-0.1186	-0.069	0.0287	-0.0437	0.114	-41.465	7.3419	4.1187
3	0.0276	-0.0497	-0.0473	0.1527	0.1169	0.1404	0.0988	-0.0056	-0.1056	0.028	0.0298	-0.2768	0.023	0.1717	-0.1044	0.2762	-0.08	-0.0405	0.3539	-0.1038	0.4565	-21.0863	14.5638	8.4818
4	0.1504	-0.0378	0.051	0.1823	0.1375	0.5602	0.0417	-0.1751	-0.0733	-0.0741	0.0131	0.0243	-0.1071	-0.1272	-0.0149	0.2155	0.0245	-0.0005	0.3029	0.0427	0.1878	-67.2118	-5.5216	16.0827
5	0.0945	0.0298	0.0196	0.0596	-0.0364	0.1314	0.0242	0.1225	0.004	-0.0238	0.0397	0.0383	-0.0286	-0.136	0.0447	0.1174	0.1825	0.026	0.3131	0.0219	0.1001	-58.477	-9.3526	33.8499
6	0.1725	0.0685	-0.0647	0.0795	0.0571	0.1706	0.0918	0.0787	-0.0005	0.0396	0.0383	-0.0416	0.003	0.0512	-0.0487	0.2614	0.0924	-0.0008	0.2529	-0.0179	0.222	-45.1614	-10.227	52.0797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 109:159)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 160:239)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 240:294)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 109:159)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 160:239)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 240:294)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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