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万見
- PDB-3zqd: B. subtilis L,D-transpeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqd
タイトルB. subtilis L,D-transpeptidase
要素L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD
キーワードTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CYSTEINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / LysM domain superfamily ...Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative L,D-transpeptidase YkuD
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS (枯草菌)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Lecoq, L. / Simorre, J.-P. / Bougault, C. / Arthur, M. / Hugonnet, J.-E. / Veckerle, C. / Pessey, O.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Dynamics Induced by Beta-Lactam Antibiotics in the Active Site of Bacillus subtilis L,D-Transpeptidase.
著者: Lecoq, L. / Bougault, C. / Hugonnet, J. / Veckerle, C. / Pessey, O. / Arthur, M. / Simorre, J.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: B. Subtilis Ykud Protein at 2.0 A Resolution: Insights Into the Structure and Function of a Novel, Ubiquitous Family of Bacterial Enzymes.
著者: Bielnicki, J. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Dauter, Z. / Joachimiak, A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.page_last / _citation.title ..._citation.page_last / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9611
ポリマ－18,9611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100MINIMAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD / SPORE PROTEIN YKUD


分子量: 18960.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS (枯草菌)
株: 168 / プラスミド: PET2818 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PREP4GROESL / 参照: UniProt: O34816
構成要素の詳細HIS 126 IS PROTONATED ON THE ND1 (ND1=ATOM 1950 AND HD1=ATOM 1958) AND NON PROTONATED ON THE NE2 ...HIS 126 IS PROTONATED ON THE ND1 (ND1=ATOM 1950 AND HD1=ATOM 1958) AND NON PROTONATED ON THE NE2 (ATOM 1953). CYS 142 IS PROTONATED ON THE SG (SG=ATOM 2164 AND HG=ATOM 2169).
配列の詳細GENE SEQUENCING LED TO THE REPLACEMENT OF THE FIRST MET BY GRKL, AND TO THE ADDITION OF THE C- ...GENE SEQUENCING LED TO THE REPLACEMENT OF THE FIRST MET BY GRKL, AND TO THE ADDITION OF THE C-TERMINAL HIS-TAG GSHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111[1H
12115N]-HSQC
13113C]-NOESY-HSQ IN THE ALIPHATIC REGION
141HN(CA)CB
151HNCO
16113C]-HSQC IN THE ALIPHATIC REGION
171METHYL SELECTIVE [1H
18113C] -HSQC-NOESY
19113C]-HSQC IN THE AROMATIC REGION
110115N] SOFAST-HMQC ON THE HISTIDINES
1111[1H-15N]-NOESY- HSQC
112113C]- NOESY-HSQC IN THE AROMATIC REGION
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY AND N-H AND CA-HA RDCS ON 13C, 15N-LABELED LDTBS. THE 20 STRUCTURES OF MINIMAL ENERGY WERE FURTHER REFINED IN WATER.

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.15 M / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian AVANCEVarianAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU, READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRDraw構造決定
NMRPipe構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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