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- PDB-5wez: Structure of the Tir-CesT effector-chaperone complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wez
タイトルStructure of the Tir-CesT effector-chaperone complex
要素
  • Tir chaperone
  • Translocated intimin receptor Tir
キーワードCHAPERONE / effector / complex / secretion / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / SH2 domain binding / lipid binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, N-terminal / Translocated intimin receptor / Translocated intimin receptor, C-terminal / Translocated intimin receptor, central domain superfamily / Translocated intimin receptor (Tir) intimin-binding domain / Translocated intimin receptor (Tir) C-terminus / Translocated intimin receptor (Tir) N-terminus / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family ...Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, N-terminal / Translocated intimin receptor / Translocated intimin receptor, C-terminal / Translocated intimin receptor, central domain superfamily / Translocated intimin receptor (Tir) intimin-binding domain / Translocated intimin receptor (Tir) C-terminus / Translocated intimin receptor (Tir) N-terminus / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translocated intimin receptor Tir / Tir chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Little, D.J. / Coombes, B.K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council Discovery Grant341435-2010 RGPIN カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for CesT recognition of type III secretion effectors in enteropathogenic Escherichia coli.
著者: Little, D.J. / Coombes, B.K.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tir chaperone
B: Translocated intimin receptor Tir


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2122
ポリマ－22,2122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, PISA predicts the dimer interface through the crystallographic two-fold symmetry operator
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.960, 66.960, 75.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Tir chaperone


分子量: 15677.607 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-138 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: cesT, E2348C_3940 / プラスミド: pCOLADuet-1 / 詳細 (発現宿主): co-expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: P21244
#2: タンパク質 Translocated intimin receptor Tir / Secreted effector protein Tir


分子量: 6534.134 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: tir, espE, E2348C_3941 / プラスミド: pCOLADuet-1 / 詳細 (発現宿主): co-expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: B7UM99

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 % / 解説: rhombohedrons
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 17% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→57.99 Å / Num. obs: 5461 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.74→2.88 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 790 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLM7.1.1データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K3E

1k3e


解像度: 2.74→57.989 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 279 5.11 %Random
Rwork0.2085 ---
obs0.2112 5457 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→57.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1170 0 0 0 1170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3431625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.811710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.735-3.44580.31851270.31042557X-RAY DIFFRACTION100
3.4458-58.00210.24421520.18872621X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20271.17242.23058.9308-1.18325.58621.48021.60172.2527-0.8283-1.1317-1.0002-1.3566-1.7765-0.2391.35910.55080.22511.25530.33071.17112.844336.735717.6135
28.10433.47841.93228.3586-5.75177.25020.60241.63810.4662-1.9841-1.03770.68680.8058-1.23920.46691.13480.3160.02171.0171-0.11091.04248.414226.170220.3893
32.4044-3.59943.46575.3824-5.18524.98981.8072-1.14641.2363-0.46982.70176.34532.28382.5118-2.8152.166-0.2446-0.43911.4222-0.24391.94444.77854.48329.0293
41.8463-3.96522.31098.363-4.72669.53190.31370.10460.0397-0.9072-1.0160.35041.5577-0.33860.58560.83680.08410.23430.6781-0.17760.946711.346118.560133.1815
55.9379-2.77821.38431.3163-1.06116.30360.68070.8479-0.4417-3.216-2.4475-1.25611.60430.47921.43121.08770.36340.36720.8563-0.01911.474919.253818.78926.2017
66.48012.25976.58983.43245.12459.70971.0864.18763.1403-2.2735-2.29920.4889-0.40350.6882-0.06071.44230.52310.31431.8470.06281.345822.433826.523312.133
77.30776.3702-8.19515.5604-7.07469.82160.99292.9801-0.9788-2.99990.82431.42043.5134-0.1774-1.92192.1010.9766-0.40981.94770.02590.86622.217221.492114.2823
86.0945-1.97592.1492.4377-2.79487.30821.06490.12960.46280.3833-0.99361.24732.31060.6785-0.38511.75740.0153-0.25851.28750.07541.51889.688621.854811.5081
94.8918-3.9197-3.8754.5733.77656.6907-3.9986-2.79310.87442.04622.67411.541.5113-0.46990.68251.66150.0094-0.40672.3513-0.56321.44250.12219.064423.8533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 43 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 48 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 49 through 53 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 65 through 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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