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万見
- PDB-3zqc: Structure of the Trichomonas vaginalis Myb3 DNA-binding domain bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqc
タイトルStructure of the Trichomonas vaginalis Myb3 DNA-binding domain bound to a promoter sequence reveals a unique C-terminal beta-hairpin conformation
要素
  • (MRE-1) x 2
  • MYB3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain ...: / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myb-like DNA-binding domain containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wei, S.-Y. / Lou, Y.-C. / Tsai, J.-Y. / Hsu, H.-M. / Tai, J.-H. / Hsiao, C.-D. / Chen, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structure of the Trichomonas Vaginalis Myb3 DNA-Binding Domain Bound to a Promoter Sequence Reveals a Unique C-Terminal Beta-Hairpin Conformation.
著者: Wei, S.-Y. / Lou, Y.-C. / Tsai, J.-Y. / Ho, M.R. / Chou, C.C. / Rajasekaran, M. / Hsu, H.-M. / Tai, J.-H. / Hsiao, C.-D. / Chen, C.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYB3
B: MRE-1
C: MRE-1
D: MYB3
E: MRE-1
F: MRE-1
G: MYB3
H: MRE-1
I: MRE-1
J: MYB3
K: MRE-1
L: MRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,68812
ポリマ－100,68812
非ポリマー00
水1,76598
1
A: MYB3
B: MRE-1
C: MRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-20.4 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
2
D: MYB3
E: MRE-1
F: MRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-19.1 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
3
G: MYB3
H: MRE-1
I: MRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
4
J: MYB3
K: MRE-1
L: MRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-20.5 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.810, 71.770, 87.820
Angle α, β, γ (deg.)94.68, 97.84, 99.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
MYB3 / MYB-LIKE DNA-BINDING DOMAIN CONTAINING PROTEIN


分子量: 15380.552 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 53-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
プラスミド: PET29B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2D9X4
#2: DNA鎖
MRE-1


分子量: 4929.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
#3: DNA鎖
MRE-1


分子量: 4862.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 23110 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 29.46
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 5.02 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H8A

1h8a


解像度: 2.9→28.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 258958.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 954 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 19482 80.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.58 Å2-4.4 Å240.62 Å2
2---7.02 Å2-3.64 Å2
3----20.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.78 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3929 2600 0 98 6627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 120 5.4 %
Rwork0.412 2101 -
obs--55.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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