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- PDB-3zpn: Structure of Psb28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpn
タイトルStructure of Psb28
要素PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYSTEM II ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Psb28 / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II assembly factor Psb28 protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.361 Å
データ登録者Bialek, W.J. / Michoux, F. / Nixon, P.J. / Murray, J.W.
引用ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Psb28 Accessory Factor of Thermosynechococcus Elongatus Photosystem II at 2.3 A
著者: Bialek, W. / Wen, S. / Michoux, F. / Beckova, M. / Komenda, J. / Murray, J.W. / Nixon, P.J.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
B: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
C: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
D: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3444
ポリマ－60,3444
非ポリマー00
水95553
1
A: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
B: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1722
ポリマ－30,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
2
C: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
D: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1722
ポリマ－30,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.060, 57.060, 183.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 4:108 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 4:108 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 4:108 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 4:108 )

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9836, -0.1795, -0.01884), (-0.1796, -0.9837, -0.003387), (-0.01793, 0.006715, -0.9998)-4.538, -50.2, 19.21
2given(0.9836, -0.1795, -0.01884), (-0.1796, -0.9837, -0.003387), (-0.01793, 0.006715, -0.9998)-4.538, -50.2, 19.21
3given(-0.5256, 0.5379, -0.6591), (-0.262, 0.6347, 0.7269), (0.8094, 0.5548, -0.1927)77.34, -1.947, 0.5218
4given(-0.5058, 0.3546, -0.7864), (0.3639, -0.7389, -0.5672), (-0.7822, -0.573, 0.2446)70.82, -63.88, 15.07

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要素

#1: タンパク質
PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN / PHOTOSYSTEM II 13 KDA PROTEIN / PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER W PROTEIN


分子量: 15085.886 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q8DLJ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 35% W/V PEG 3350, 300MM POTASSIUM THIOCYANATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→57.06 Å / Num. obs: 23633 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.12 % / Biso Wilson estimate: 45.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2KVO

2kvo


解像度: 2.361→57.06 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 1195 5.1 %
Rwork0.1925 --
obs0.1945 23631 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.361→57.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3413 0 0 53 3466
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A844X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B844X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.616
13C844X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.848
14D844X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3614-2.4560.34291250.28662474X-RAY DIFFRACTION98
2.456-2.56780.35591250.26832503X-RAY DIFFRACTION100
2.5678-2.70310.30911370.25512511X-RAY DIFFRACTION99
2.7031-2.87250.31061560.23822490X-RAY DIFFRACTION100
2.8725-3.09430.27441520.22842473X-RAY DIFFRACTION99
3.0943-3.40560.24111220.20872478X-RAY DIFFRACTION98
3.4056-3.89830.19671360.1822481X-RAY DIFFRACTION99
3.8983-4.91110.21151260.15782517X-RAY DIFFRACTION99
4.9111-57.07660.17641160.15742509X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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