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- PDB-3zpm: Solution structure of latherin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpm
タイトルSolution structure of latherin
要素LATHERIN
キーワードSURFACTANT PROTEIN / PLUNC / BPI
機能・相同性
機能・相同性情報


surfactant homeostasis / temperature homeostasis / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種EQUUS CABALLUS (ウマ)
手法溶液NMR / AS PER PUBLICATION
データ登録者Vance, S.J. / MacDonald, R.E. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Smith, B.O.
引用
ジャーナル: J R Soc Interface / 年: 2013
タイトル: The structure of latherin, a surfactant allergen protein from horse sweat and saliva.
著者: Vance, S.J. / McDonald, R.E. / Cooper, A. / Smith, B.O. / Kennedy, M.W.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Latherin: A Surfactant Protein of Horse Sweat and Saliva.
著者: McDonald, R.E. / Fleming, R.I. / Beeley, J.G. / Bovell, D.L. / Lu, J.R. / Zhao, X. / Cooper, A. / Kennedy, M.W.
#2: ジャーナル: Ph D Thesis / 年: 2012
タイトル: The Relationship between Structure and Function in Natural Surfactant Proteins
著者: Vance, S.J.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 2.02018年5月2日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LATHERIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9101
ポリマ－22,9101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 LATHERIN / DANDER ALLERGEN EQU C 4/EQU C 5 / EQU C 4


分子量: 22910.354 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EQUUS CABALLUS (ウマ) / プラスミド: PET-32 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82615

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
121CBCA(CO)NH
131CC(CO)NH
141HN(CA)CB
151HN(CA)CO
161HNCO
171HBHA(CO)NH
181HBHANH
191(H)CC(CO)NH
1101BMX C NOESY
1111C HSQC B
1121CH3 TOCSY
1131H(CCO)NH B MX N NOESY
1141CHCH3 TOCSY
1151H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED LATHERIN.

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試料調製

詳細内容: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 0.07 / pH: 7.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CcpNmr Analysis2.1構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
CcpNmr Analysis2構造決定
DANGLE1.1構造決定
TopSpin1.3構造決定
CNS1.2構造決定
精密化手法: AS PER PUBLICATION / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT USING NOE, H-BOND AND RDC RESTRAINTS USING ARIA2 AND CNS. DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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