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- PDB-3zob: Solution structure of chicken Engrailed 2 homeodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zob
タイトルSolution structure of chicken Engrailed 2 homeodomain
要素HOMEOBOX PROTEIN ENGRAILED-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / CELL-PENETRATING PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


hindbrain development / embryonic brain development / dopaminergic neuron differentiation / central nervous system neuron differentiation / midbrain development / positive regulation of phosphorylation / axon guidance / positive regulation of translation / filopodium / fibrillar center ...hindbrain development / embryonic brain development / dopaminergic neuron differentiation / central nervous system neuron differentiation / midbrain development / positive regulation of phosphorylation / axon guidance / positive regulation of translation / filopodium / fibrillar center / transcription corepressor activity / lamellipodium / growth cone / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / neuron projection / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein engrailed-2
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Carlier, L. / Balayssac, S. / Cantrelle, F.X. / Khemtemourian, L. / Chassaing, G. / Joliot, A. / Lequin, O.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: Investigation of Homeodomain Membrane Translocation Properties: Insights from the Structure Determination of Engrailed-2 Homeodomain in Aqueous and Membrane-Mimetic Environments.
著者: Carlier, L. / Balayssac, S. / Cantrelle, F. / Khemtemourian, L. / Chassaing, G. / Joliot, A. / Lequin, O.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMEOBOX PROTEIN ENGRAILED-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8631
ポリマ－7,8631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 HOMEOBOX PROTEIN ENGRAILED-2 / GG-EN-2 / HOMEOBOX PROTEIN EN-2 / ENGRAILED 2 HOMEOPROTEIN


分子量: 7862.982 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN, RESIDUES 200-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RP / 参照: UniProt: Q05917

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N NOESY- HSQC
1313D 13C NOESY-HMQC
1413D HNHA
1513D HNHB
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 1 MM PROTEIN, 50 MM SODIUM SUCCINATE, 0.02% (W/V) SODIUM AZIDE, 0.1 MM TSP, 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 4.7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHSCHWIETERS,KUSZEWSKI,TJ精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ENERGY MINIMIZATION WITH CHARMM22 FORCE FIELD
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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