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- PDB-2k6n: Solution Structure of Human Supervillin Headpiece, Minimized Average -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k6n
タイトルSolution Structure of Human Supervillin Headpiece, Minimized Average
要素Supervillin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Supervillin / SVHP / HP / Headpiece / Villin / Archvillin / Actin capping / Actin-binding / Alternative splicing / Calcium / Cytoplasm / Cytoskeleton / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule minus-end / actin filament severing / barbed-end actin filament capping / costamere / actin polymerization or depolymerization / podosome / positive regulation of cytokinesis / cleavage furrow / skeletal muscle tissue development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...microtubule minus-end / actin filament severing / barbed-end actin filament capping / costamere / actin polymerization or depolymerization / podosome / positive regulation of cytokinesis / cleavage furrow / skeletal muscle tissue development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell projection / actin filament binding / actin cytoskeleton / midbody / focal adhesion / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain ...Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Brown, J.W. / Didem, V. / McKnight, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: How to arm a supervillin: designing F-actin binding activity into supervillin headpiece.
著者: Brown, J.W. / Vardar-Ulu, D. / McKnight, C.J.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Supervillin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7081
ポリマ－7,7081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Supervillin / Archvillin / p205/p250


分子量: 7708.040 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2149-2214, HP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95425

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1242D 1H-13C HSQC
1352D 1H-1H TOCSY
1452D 1H-1H COSY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1813D HN(CA)CO
1943D (H)CCH-TOCSY
11043D (H)CCH-COSY
11123D HNHA
11223D HNHB
11352D 1H-1H NOESY
11423D 1H-15N NOESY
11543D 1H-13C NOESY
11632D 1H-13C HSQC
11723D HMQC-J
NMR実験の詳細Text: DISTANCE RESTRAINTS WERE DETERMINED FROM A NOESY BUILDUP SERIES. MIXING TIMES OF 50, 75, 100, 125, 150 - 13C AND 15N NOE ASSIGNMENTS WERE BINED AS WEAK

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3-2.5 mM [U-13C; U-15N] Supervillin Headpiece, 4 mM DTT, 500 uM TMSP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.3-2.5 mM [U-15N] Supervillin Headpiece, 4 mM DTT, 500 uM TMSP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.3-2.5 mM [U-10% 13C] Supervillin Headpiece, 4 mM DTT, 500 uM TMSP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41.3-2.5 mM [U-13C] Supervillin Headpiece, 4 mM DTT, 500 uM TMSP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
51.3-2.5 mM Supervillin Headpiece, 4 mM DTT, 500 uM TMSP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMSupervillin Headpiece[U-13C; U-15N]1
4 mMDTT1
500 uMTMSP1
100 mMsodium chloride1
20 mMsodium phosphate1
1.3 mMSupervillin Headpiece[U-15N]2
4 mMDTT2
500 uMTMSP2
100 mMsodium chloride2
20 mMsodium phosphate2
1.3 mMSupervillin Headpiece[U-10% 13C]3
4 mMDTT3
500 uMTMSP3
100 mMsodium chloride3
20 mMsodium phosphate3
1.3 mMSupervillin Headpiece[U-13C]4
4 mMDTT4
500 uMTMSP4
100 mMsodium chloride4
20 mMsodium phosphate4
1.3 mMSupervillin Headpiece5
4 mMDTT5
500 uMTMSP5
100 mMsodium chloride5
20 mMsodium phosphate5
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichstructural alignment
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichstructural visualization
XwinNMR3.1Bruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PREDITOR(PREDITOR) M. V. Berjanskii, S. Neal, D. S. Wishartデータ解析
NMRView7.0.16Johnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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