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- PDB-3zng: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9) in complex with Elon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zng
タイトルAnkyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9) in complex with ElonginB and ElonginC
要素
  • ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
  • TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
  • TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
キーワードTRANSCRIPTION / CULLIN-RING LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin B ...Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Ankyrin repeat-containing domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongin-C / Elongin-B / Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Thomas, J. / Van Molle, I. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Multimeric Complexes Among Ankyrin-Repeat and Socs-Box Protein 9 (Asb9), Elonginbc, and Cullin 5: Insights Into the Structure and Assembly of Ecs-Type Cullin-Ring E3 Ubiquitin Ligases.
著者: Thomas, J.C. / Matak-Vinkovic, D. / Van Molle, I. / Ciulli, A.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
D: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1587
ポリマ－107,0966
非ポリマー621
水63135
1
A: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6104
ポリマ－53,5483
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-45.4 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
2
D: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5483
ポリマ－53,5483
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-43.4 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.110, 103.130, 109.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9 / ASB-9 / ASB9


分子量: 29425.727 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96DX5
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / ...ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGINC


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / ...ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGINB


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 34-294 ONLY. SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL RESIDUES AENLYFQ AT C-TERMINUS LEFT OVER FROM ...RESIDUES 34-294 ONLY. SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL RESIDUES AENLYFQ AT C-TERMINUS LEFT OVER FROM CLEAVAGE OF HIS6 AND FLAG TAGS RESIDUES 17-112 ONLY. SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL M RESIDUE AT N-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH 6.7, 0.2 M SODIUM MALONATE, 22% PEG 3350, 10% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97879
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50.64 Å / Num. obs: 30887 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 72.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZKJ

3zkj


解像度: 2.85→50.638 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1549 5.1 %
Rwork0.1946 --
obs0.1969 30665 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 4 35 6507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1859026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0342374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-2.94210.32381260.30732580X-RAY DIFFRACTION98
2.9421-3.04720.41051150.28032628X-RAY DIFFRACTION98
3.0472-3.16920.35061440.27732575X-RAY DIFFRACTION99
3.1692-3.31340.29041400.2532589X-RAY DIFFRACTION99
3.3134-3.48810.27161510.21522617X-RAY DIFFRACTION99
3.4881-3.70660.25961420.19642630X-RAY DIFFRACTION99
3.7066-3.99260.27811300.17812645X-RAY DIFFRACTION100
3.9926-4.39420.20841500.15722664X-RAY DIFFRACTION99
4.3942-5.02960.19661480.15112646X-RAY DIFFRACTION100
5.0296-6.33480.23821510.19482713X-RAY DIFFRACTION100
6.3348-50.64570.20071520.18832829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.833-0.72322.15832.8498-0.58485.00580.0171-0.1620.0195-0.0496-0.2570.5296-0.0642-0.24980.20320.3648-0.0497-0.13550.4521-0.00280.7096-53.44122.2767-9.0556
24.1702-0.88652.48982.07710.19851.7687-0.0937-0.23670.03330.0692-0.2335-0.0128-0.42030.44140.18750.384-0.0858-0.07550.5020.04970.6359-44.221921.21592.8723
32.9652-2.22312.08315.7905-1.32073.3733-0.0456-0.2047-0.2780.35820.10310.58520.2738-0.3036-0.04620.457-0.05280.09130.38310.06320.5165-35.206110.61913.7568
44.73790.9670.57794.62711.03562.0283-0.4055-0.2795-0.47980.07020.2309-0.02860.5343-0.34170.15490.5437-0.03360.13870.40790.04710.3697-22.607311.698921.5695
54.7391.68191.53030.811.64416.2518-0.0879-1.32180.18590.4904-0.4113-0.54760.38840.20930.58190.69950.1115-0.24340.73050.13930.9099-0.497214.868539.3285
67.786-8.3303-0.42189.6062-0.70252.0219-0.49040.0082-0.27650.26690.16360.29160.5420.6611-0.08850.6090.00380.11810.67580.16220.68061.50649.447229.074
74.3714-3.68270.41074.4369-1.6641.36130.1861-0.40960.29670.6111-0.0336-1.52480.29941.24280.26090.65450.0721-0.38580.94660.04250.88873.368819.000933.2326
84.11041.0888-0.91512.246-2.1874.3109-0.2023-0.9213-0.82590.39650.06680.0762-0.4864-0.11160.06280.57740.1166-0.10010.60780.21460.7095-10.180514.508236.2605
93.9814-0.60280.840.2826-0.09280.6252-0.4348-0.746-1.99910.86350.62731.3510.0554-0.6065-0.44460.8170.16320.19420.78730.43061.0041-20.1468.516135.9816
109.7784-2.93050.82698.0804-2.766810.0033-0.49610.2258-0.60550.7166-0.0671-0.7107-0.41240.2360.27610.34580.0286-0.05150.42580.04160.5241-9.524919.826726.9593
113.26040.32331.99322.35411.46632.2335-0.4145-0.4382-0.40251.36760.45810.3514-0.2129-1.0761-0.31511.30920.4767-0.31871.07820.18640.5608-7.869914.461949.3557
122.5856-1.08580.52843.0505-1.1991.338-0.3743-0.9583-0.46630.619-0.0299-0.62160.70671.01810.26381.91280.6971-0.57361.11740.11180.5543-1.935110.384256.5866
133.1767-0.95952.26881.5141-1.29452.81620.1048-0.1293-0.29160.7498-0.0732-0.42930.65591.39041.12891.43770.0596-0.38381.56970.87380.18651.123915.341659.1659
140.3827-0.7432-0.45871.4951.36245.0747-0.4814-0.8345-0.0970.7932-0.90940.7110.3177-0.20040.09721.1260.26590.0571.38430.15990.6461-16.167816.195150.1331
153.61520.45771.75813.26450.22725.7072-0.2395-0.37150.20270.47770.4046-0.4175-1.4253-0.33260.1510.89140.0762-0.11860.6864-0.12250.8192-14.618831.300331.5691
163.8846-3.1371-2.00266.1339-3.55618.47260.00040.1416-1.4368-0.1734-0.04050.89190.4648-1.34990.27350.47390.006-0.23990.5345-0.15180.8093-24.1475-12.08975.7633
173.2120.49851.33212.7134-0.63025.60520.06630.199-0.1352-0.03510.0417-0.21580.0270.1345-0.17680.51320.0726-0.07970.3933-0.04050.5554-19.1143-5.3774-3.3019
184.3749-0.90270.75844.152-1.2161.4922-0.03980.2612-0.1879-0.4122-0.0050.33420.05630.18860.05490.69710.0688-0.07770.7253-0.07730.4495-32.85429.0614-23.2093
192.41320.5181-1.23751.8392-1.53481.5890.2535-0.0310.0195-0.3104-0.0492-0.0866-0.2991-0.0356-0.1850.85470.02170.01450.7566-0.11490.4075-30.072523.3788-28.8212
201.9777-0.80220.96722.3012-1.05192.29180.7492-0.44270.4164-1.0153-0.5406-0.6236-1.0829-0.3021-0.25091.69630.0780.14170.8654-0.17970.5242-28.533639.2129-51.6363
213.5357-0.7988-0.29613.01050.19790.0686-0.0122-0.67170.04470.03840.1835-0.3815-1.2884-0.6639-0.04481.47830.04140.12910.871-0.16630.3868-28.526735.7977-45.5463
223.0899-1.3529-2.88782.7289-0.0194.36530.28660.2584-0.0122-0.2021-0.11170.3495-0.4288-1.73950.24641.0764-0.00930.08671.4977-0.33990.3407-33.311420.6914-44.9037
233.4312-2.0012.22127.5785-2.25584.0239-0.6522-0.1062-0.10910.60040.03690.1815-0.9344-0.13130.59181.3669-0.10340.15750.8645-0.16990.5575-23.351433.1858-36.9103
246.70846.147-1.25899.6456-1.30383.81110.9508-0.64060.43351.0693-0.47360.1352-1.4325-1.0642-0.28751.10390.17420.07010.8582-0.1070.4509-25.536629.4394-58.9916
251.6685-0.98421.29233.45592.0253.7525-0.2712-0.6250.637-0.20340.5830.0897-0.927-0.9294-0.2151.59230.12780.09150.67760.00350.4383-24.339634.6327-57.9076
263.40420.4365-0.90913.61930.46921.57310.49840.84730.0573-0.4815-0.44790.1916-1.7298-2.1486-0.07671.38010.42510.06010.9778-0.08880.4963-27.42133.3007-69.5772
272.00823.00570.65419.09240.08076.40910.2902-0.7950.3490.4753-0.0138-0.7241-0.46050.4263-0.44410.64060.01190.09160.8849-0.220.5938-19.56324.4121-70.3637
284.2278-1.69590.23841.62650.97811.23620.2247-0.0118-0.48850.1975-0.68920.23530.5707-1.0819-0.12030.6624-0.05850.03740.7058-0.05380.3832-27.515118.803-64.3715
297.2452-1.3837-6.272.3301-0.39398.6076-0.0366-1.2867-0.74761.19750.51590.29760.3663-0.4095-0.29130.93770.15650.15851.04230.01730.5861-27.232921.839-53.1564
301.4332-0.179-1.53180.8417-0.54252.29180.5612-0.33270.5116-0.42030.0369-0.2522-0.71550.3650.53171.7628-0.07890.38710.6453-0.20730.1715-20.107832.4518-64.2
311.692.43462.56563.79163.93594.43570.1645-1.22151.0383-1.3873-0.59640.6674-2.68230.66520.87731.85-0.01350.13171.07440.01340.6989-13.522138.6698-71.2663
321.3210.55241.66890.76951.8344.50340.0453-0.07310.4386-0.18990.0305-0.0959-1.62260.2275-0.17911.6241-0.20760.18051.1269-0.18970.3076-13.282134.6019-53.328
333.77291.00780.39065.62891.11183.8195-0.11110.0105-0.08030.04180.14050.3624-0.24771.1898-0.01870.7805-0.06290.02920.9955-0.05620.6758-10.416925.0519-33.7316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 37 THROUGH 104 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 105 THROUGH 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 137 THROUGH 220 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 221 THROUGH 294 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 18 THROUGH 38 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 39 THROUGH 45 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 46 THROUGH 66 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 67 THROUGH 82 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 83 THROUGH 96 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 97 THROUGH 112 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 2 THROUGH 23 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 24 THROUGH 35 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 36 THROUGH 46 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 47 THROUGH 75 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 91 THROUGH 105 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESID 36 THROUGH 48 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 49 THROUGH 136 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 137 THROUGH 234 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 235 THROUGH 294 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESID 18 THROUGH 38 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESID 39 THROUGH 83 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 84 THROUGH 96 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESID 97 THROUGH 112 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN F AND (RESID 2 THROUGH 9 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN F AND (RESID 10 THROUGH 18 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND (RESID 19 THROUGH 45 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESID 46 THROUGH 55 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND (RESID 56 THROUGH 65 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND (RESID 66 THROUGH 72 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND (RESID 73 THROUGH 79 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN F AND (RESID 80 THROUGH 89 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN F AND (RESID 90 THROUGH 94 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN F AND (RESID 95 THROUGH 106 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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