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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zmf | ||||||
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タイトル | Salmonella enterica SadA 303-358 fused to GCN4 adaptors (SadAK2) | ||||||
要素 | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / DALL DOMAIN / DALL2 / TAA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / cell outer membrane / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / protein transport / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2008 タイトル: A New Expression System for Protein Crystallization Using Trimeric Coiled-Coil Adaptors. 著者: Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Zeth, K. / Linke, D. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Complete Fiber Structures of Complex Trimeric Autotransporter Adhesins Conserved in Enterobacteria. 著者: Hartmann, M.D. / Grin, I. / Dunin-Horkawicz, S. / Deiss, S. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zmf.cif.gz | 136.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zmf.ent.gz | 108.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zmf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gcmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12482.168 Da / 分子数: 3 断片: GCN4 ADAPTOR RESIDUES 250-278, ADHESIN RESIDUES 303-358, GCN4 ADAPTOR RESIDUES 250-278 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q8ZL64 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 50% PEG 200, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9686 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.85→38.5 Å / Num. obs: 26591 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.72 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GCM 解像度: 1.85→38.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.911 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.523 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.51 Å
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拘束条件 |
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