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万見
- PDB-3zmc: Native structure of Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zmc
タイトルNative structure of Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomonas aeruginosa PA01, with bound substrate molecule Geranyl pyrophosphate.
要素GERANYLTRANSTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / Geranyltranstransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of Substrate and Inhibitor Binding to Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GERANYLTRANSTRANSFERASE
B: GERANYLTRANSTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,09811
ポリマ－63,1782
非ポリマー9209
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-69.4 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.963, 98.778, 130.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2171-

HOH

21B-2007-

HOH

31B-2011-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2188, -0.9655, -0.1415), (-0.9645, 0.192, 0.1814), (-0.148, 0.1762, -0.9732)
ベクター: 53.03, 48.49, -36.79)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GERANYLTRANSTRANSFERASE / PA4043


分子量: 31588.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9HWY4, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

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非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル


分子量: 314.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THERE IS AN N-TERMINAL ADDITIONAL SERINE RESULTING FROM CLONING AND CLEAVAGE OF HIS TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
解説: DATA IS SUBSTRATE COMPLEX, SOLVED BY REFINING AGAINST NATIVE MODEL USING NATIVE FREER FLAGS.
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.15 M MGCL2, 20% PEG8000, 0.1 M TRISCL PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97626
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→40.83 Å / Num. obs: 46143 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZCD

3zcd


解像度: 1.87→40.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 3.581 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 2275 4.9 %RANDOM
Rwork0.20489 ---
obs0.20711 43687 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4068 0 53 416 4537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.9925679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28639345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1455543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.54222.872188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92615661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6181547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.21573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.23531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.22257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0880.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.536 175 -
Rwork0.505 3117 -
obs--98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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