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万見
- PDB-4umj: Native structure of Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umj
タイトルNative structure of Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomonas aeruginosa PA01, with bound ibandronic acid molecules.
要素GERANYLTRANSTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / FPPS / BONVIVA / BISPHOSPHONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IBANDRONATE / Geranyltranstransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of Substrate and Inhibitor Binding to Farnesyl Pyrophosphate Synthase from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2014年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GERANYLTRANSTRANSFERASE
B: GERANYLTRANSTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,99316
ポリマ－63,1782
非ポリマー1,81514
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.310, 98.550, 131.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GERANYLTRANSTRANSFERASE / FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 31588.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HWY4, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-BFQ / IBANDRONATE / [1-HYDROXY-3-(METHYL-PENTYL-AMINO)-1-PHOSPHONO-PROPYL]-PHOSPHONIC ACID / イバンドロナ-ト


分子量: 319.229 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H23NO7P2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細7-[2, 6-DICHLORO-4-({[(2-CHLOROBENZOYL)AMINO]CARBONYL}AMINO)PHENOXY]HEPTA
配列の詳細THERE IS AN EXTRA SERINE AT THE N-TERMINUS FROM CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
解説: THE DATA REPRESENTED A COMPOUND SOAK. DATA WAS REFINED AGAINST EXISTING MODEL. 3ZCD
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2 M MGCL2, 20% PEG6000, 0.1 M TRIS CL PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9801
検出器日付: 2011年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→65.67 Å / Num. obs: 46925 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→65.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES, REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24269 2365 5.1 %RANDOM
Rwork0.19964 ---
obs0.20178 44413 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→65.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 104 570 4723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7642.0065742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.66139420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3215545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.67323.048187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01415658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9921545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0382.2832171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0382.2822170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8833.4052707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2282.7172050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 152 -
Rwork0.365 3028 -
obs--92.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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