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- PDB-3zm7: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF Mycobacterium tuberculo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zm7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF Mycobacterium tuberculosis GyrB WITH AMPPCP
要素DNA GYRASE SUBUNIT B
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / GHKL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Agrawal, A. / Roue, M. / Spitzfaden, C. / Petrella, S. / Aubry, A. / Volker, C. / Mossakowska, D. / Hann, M. / Bax, B. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium Tuberculosis DNA Gyrase ATPase Domain Structures Suggest a Dissociative Mechanism that Explains How ATP Hydrolysis is Coupled to Domain Motion.
著者: Agrawal, A. / Roue, M. / Spitzfaden, C. / Petrella, S. / Aubry, A. / Hann, M.M. / Bax, B. / Mayer, C.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
E: DNA GYRASE SUBUNIT B
F: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,80818
ポリマ－289,6316
非ポリマー3,17712
水1,63991
1
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8013
ポリマ－48,2721
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.615, 171.916, 109.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA GYRASE SUBUNIT B


分子量: 48271.797 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL ATPASE REGION, RESIDUES 40-467 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: I6WX66, UniProt: P9WG45*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細WE USE A DIFFERENT START SITE AND NUMBERING THAN IN THIS ENTRY. OUR START SITE IS VAA AND WE CALL V RESIDUE 1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 24% PEG-1500, 0.1 M MES PH 6.5, 5 MM MGCL2, AND 1.2% MYO-INOSITOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91942
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 41737 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 108.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZKB

3zkb


解像度: 3.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.445
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 2055 5.04 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.197 40735 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 113.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.9817 Å20 Å2-9.9014 Å2
2---13.891 Å20 Å2
3---4.9094 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.684 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16012 0 192 91 16295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116486HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1922423HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5586SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes408HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2491HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16486HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2234SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19390SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3114 137 4.56 %
Rwork0.2391 2870 -
all0.2424 3007 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28620.73520.92563.37480.12987.6255-0.11260.23350.1234-0.2786-0.1435-0.2848-0.16070.31560.2561-0.1966-0.05280.0539-0.22270.0031-0.172-2.6507-8.076334.3965
24.85541.86571.41014.90772.40454.6972-0.05620.0036-0.03570.35680.1219-0.2537-0.16960.2321-0.0656-0.2738-0.1371-0.0395-0.287-0.0676-0.033714.58482.837660.7401
35.85640.998-1.24334.3176-0.51784.46610.1035-0.0855-0.4017-0.1904-0.24470.416-0.10940.03390.1412-0.3104-0.0098-0.0294-0.1962-0.0522-0.0612-36.3885-20.707847.3083
43.0384-0.00050.80382.11940.87339.5330.04020.1058-0.1593-0.2640.0076-0.27080.0594-0.0574-0.04780.0358-0.0121-0.0739-0.29010.0162-0.2593-23.7089-16.843616.3927
55.02540.80570.03052.94510.41013.3464-0.00740.1566-0.04350.54520.0931-0.0554-0.2665-0.1493-0.0857-0.1025-0.08570.0028-0.1007-0.0762-0.3212-9.6283-8.012272.1197
63.8620.5366-2.72431.3489-0.9884.76650.0099-0.1868-0.11890.13370.08220.24940.2420.0245-0.092-0.1330.12370.2115-0.11830.0965-0.1607-41.8819-17.571775.5846
72.0949-0.2727-0.6393.6563-0.66625.5128-0.1056-0.2257-0.10240.0367-0.3443-0.34680.0086-0.14350.4499-0.3231-0.03980.00730.01030.0383-0.1315-1.8488-56.6139115.4647
83.49360.2418-0.2462.99871.76713.7548-0.07150.0174-0.1984-0.1975-0.0898-0.13260.20250.16390.1614-0.13030.15740.16-0.2656-0.0074-0.03915.0743-68.01389.7517
98.3108-2.3045-0.31560.51250.78860.1142-0.1986-0.1342-0.0247-0.35480.23990.11450.2344-0.0611-0.0413-0.22230.0177-0.0823-0.1234-0.1534-0.3725-8.4711-56.618577.931
104.6711-0.41421.1493.4939-0.84615.97750.03730.1770.0558-0.20670.0890.1569-0.2323-0.0668-0.1263-0.1887-0.1951-0.1563-0.08260.0901-0.282-40.966-47.423974.5324
116.07480.01541.55873.2504-0.13856.2563-0.04930.16030.17120.14480.09590.1287-0.00790.1616-0.0467-0.23960.0069-0.0354-0.17820.0057-0.2252-35.315-44.0104102.7118
125.97871.830.06923.81450.19076.95390.1608-0.2305-0.09380.2685-0.1025-0.1852-0.36930.2071-0.05820.09750.14820.0481-0.29210.0325-0.2931-22.5277-47.3809133.5932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 23-253 AND 525-526
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 257-413
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 23-253 AND 525-526
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 257-413
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND RESID 23-253 AND 525-526
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESID 257-413
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND RESID 23-253 AND 525-526
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND RESID 257-413
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN E AND RESID 23-253 AND 525-526
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND RESID 257-413
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN F AND RESID 23-253 AND 525-526
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN F AND RESID 257-413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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