PDB-3zla: Crystal structure of the nucleocapsid protein from Bunyamwera vir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zla

タイトル

Crystal structure of the nucleocapsid protein from Bunyamwera virus bound to RNA

要素

NUCLEOPROTEIN
RNA

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BUNYAMWERA VIRUS (ブニヤンベラウイルス)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Ariza, A. / Tanner, S.J. / Walter, C.T. / Dent, K.C. / Shepherd, D.A. / Wu, W. / Matthews, S.V. / Hiscox, J.A. / Green, T.J. / Luo, M. ...

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Nucleocapsid Protein Structures from Orthobunyaviruses Reveal Insight Into Ribonucleoprotein Architecture and RNA Polymerization.
著者: Ariza, A. / Tanner, S.J. / Walter, C.T. / Dent, K.C. / Shepherd, D.A. / Wu, W. / Matthews, S.V. / Hiscox, J.A. / Green, T.J. / Luo, M. / Elliott, R.M. / Fooks, A.R. / Ashcroft, A.E. / ...

履歴

登録	2013年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zla.cif.gz	404.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zla.ent.gz	336.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zla_validation.pdf.gz	517.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zla_full_validation.pdf.gz	546.6 KB	表示
XML形式データ	3zla_validation.xml.gz	63.3 KB	表示
CIF形式データ	3zla_validation.cif.gz	85.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zla	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4ijs-1 4ijs-4 4ijs-3 4ijs-2 4jng-d 5zqb-d 4h5p-2 4h5p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

G: NUCLEOPROTEIN

H: NUCLEOPROTEIN

I: RNA

J: RNA

242 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

G: NUCLEOPROTEIN

H: NUCLEOPROTEIN

J: RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 5 ポリマー
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2

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

I: RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	382.240, 88.724, 88.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
1	2	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	2	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
1	3	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	3	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
1	4	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	4	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
1	5	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	5	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
1	6	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	6	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	7	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 232	1 - 234
2	7	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	8	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	8	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
1	9	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	9	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
1	10	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	10	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
1	11	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	11	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
1	12	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	12	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	13	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	-1 - 232	1 - 234
2	13	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	14	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
2	14	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
1	15	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
2	15	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
1	16	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
2	16	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
1	17	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
2	17	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	18	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 232	1 - 234
2	18	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	19	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
2	19	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
1	20	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
2	20	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
1	21	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
2	21	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	22	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-1 - 232	1 - 234
2	22	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	23	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
2	23	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
1	24	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
2	24	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	25	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 232	1 - 234
2	25	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	26	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
2	26	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
1	27	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 232	1 - 234
2	27	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	28	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 232	1 - 234
2	28	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-1 - 232	1 - 234
1	29	U	U	U	U	I	I	1 - 44	1 - 44
2	29	U	U	U	U	J	J	1 - 44	1 - 44

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N / BUNV NUCLEOCAPSID PROTEIN 分子量: 26842.889 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BUNYAMWERA VIRUS (ブニヤンベラウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: P16495
#2: RNA鎖	RNA 分子量: 13426.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: THE SINGLE-STRANDED RNA CHAINS WERE SEQUESTRED BY THE NUCLEOCAPSID PROTEIN FROM THE E. COLI EXPRESSION ORGANISM. AS A RESULT THEY DISPLAY RANDOM SEQUENCES AND WERE THEREFORE BUILT AS POLY-U CHAINS. 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: CODONPLUS-RIL / 株: BL21(DE3)
配列の詳細	THE INITIAL TWO AMINO ACIDS (GS) ARE THE REMNANTS OF CUTTING AN N-TERMINAL 6-HIS TAG OFF VIA A ...THE INITIAL TWO AMINO ACIDS (GS) ARE THE REMNANTS OF CUTTING AN N-TERMINAL 6-HIS TAG OFF VIA A THROMBIN CLEAVAGE SITE.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.37 % 解説: THE MOLECULAR REPLACEMENT MODEL WAS THE SBV NUCLEOCAPSID PROTEIN DETERMINED USING SAD FROM SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED PROTEIN
結晶化	pH: 5.7 詳細: CRYSTALLISATION CONDITION: 11% PEG6000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.7, 4 M NACL, 4 MM ZINC ACETATE. CRYO CONDITION: 10% GLYCEROL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.12667
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日 / 詳細: SLITS AND COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12667 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→190.58 Å / Num. obs: 47586 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SBV NUCLEOCAPSID PROTEIN

解像度: 3.2→88.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 38.404 / SU ML: 0.589 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29676	2383	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24681	-	-	-
obs	0.24939	44762	95.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.88 Å²	0 Å²	0.94 Å²
2-	-	2.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→88.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14811	1760	0	0	16571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	17097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	15475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.881	23457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.991	3	35797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.226	5	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.632	23.333	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.109	15	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.364	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	17529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14225	0.02
1	2	B	14225	0.02
2	1	A	14223	0.02
2	2	C	14223	0.02
3	1	A	14137	0.03
3	2	D	14137	0.03
4	1	A	14223	0.02
4	2	E	14223	0.02
5	1	A	14224	0.03
5	2	F	14224	0.03
6	1	A	14235	0.02
6	2	G	14235	0.02
7	1	A	14197	0.02
7	2	H	14197	0.02
8	1	B	14214	0.03
8	2	C	14214	0.03
9	1	B	14144	0.03
9	2	D	14144	0.03
10	1	B	14222	0.02
10	2	E	14222	0.02
11	1	B	14224	0.02
11	2	F	14224	0.02
12	1	B	14235	0.01
12	2	G	14235	0.01
13	1	B	14201	0.01
13	2	H	14201	0.01
14	1	C	14145	0.02
14	2	D	14145	0.02
15	1	C	14217	0.02
15	2	E	14217	0.02
16	1	C	14226	0.02
16	2	F	14226	0.02
17	1	C	14215	0.03
17	2	G	14215	0.03
18	1	C	14179	0.03
18	2	H	14179	0.03
19	1	D	14141	0.02
19	2	E	14141	0.02
20	1	D	14154	0.02
20	2	F	14154	0.02
21	1	D	14142	0.03
21	2	G	14142	0.03
22	1	D	14107	0.03
22	2	H	14107	0.03
23	1	E	14234	0.02
23	2	F	14234	0.02
24	1	E	14231	0.02
24	2	G	14231	0.02
25	1	E	14197	0.02
25	2	H	14197	0.02
26	1	F	14237	0.02
26	2	G	14237	0.02
27	1	F	14200	0.02
27	2	H	14200	0.02
28	1	G	14209	0
28	2	H	14209	0
29	1	I	3354	0.11
29	2	J	3354	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.442	149	-
R_work	0.407	3435	-
obs	-	-	98.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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