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万見
- PDB-3zkv: Importin13 cytosolic state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkv
タイトルImportin13 cytosolic state
要素CADMUS
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ACTIVE TRANSPORT / CELL NUCLEUS / KARYOPHERINS NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phototaxis / neuron-neuron synaptic transmission / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / positive regulation of protein-containing complex disassembly / nuclear export / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / protein import into nucleus / synapse ...phototaxis / neuron-neuron synaptic transmission / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / positive regulation of protein-containing complex disassembly / nuclear export / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / protein import into nucleus / synapse / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin 13 repeat / Importin 13, repeat 1 / Importin 13 repeat / Importin 13 repeat / Transportin-3/Importin-13 fourth TPR domain / : / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain ...Importin 13 repeat / Importin 13, repeat 1 / Importin 13 repeat / Importin 13 repeat / Transportin-3/Importin-13 fourth TPR domain / : / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gruenwald, M. / Lazzaretti, D. / Bono, F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Nuclear Export Activity of Importin13.
著者: Grunwald, M. / Lazzaretti, D. / Bono, F.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CADMUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4361
ポリマ－111,4361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.720, 167.720, 95.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CADMUS / LD35896P / IMPORTIN13


分子量: 111436.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEC5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0409
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 27903 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 92.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X1G

2x1g


解像度: 3→46.517 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3108 1394 5 %
Rwork0.2718 --
obs0.2738 27853 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6081 0 0 0 6081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8098528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5372000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10720.38481370.35982584X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.23160.36171360.34732593X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.37860.34831370.32562603X-RAY DIFFRACTION100
3.3786-3.55670.32251380.30022608X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-3.77950.31221380.28072618X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-4.07110.34321360.26842611X-RAY DIFFRACTION100
4.0711-4.48050.28651400.25432654X-RAY DIFFRACTION100
4.4805-5.12810.26251400.2442655X-RAY DIFFRACTION100
5.1281-6.45820.30471420.31352703X-RAY DIFFRACTION100
6.4582-46.52270.31171500.24052830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14350.05280.01710.06450.01710.05380.04760.20140.0285-0.0297-0.0902-0.0574-0.10680.0297-0.01360.58720.31280.19230.32150.43030.85094.4652-19.5392-4.068
20.25720.4243-0.20440.5021-0.0440.3687-0.00650.19680.1025-0.00910.16020.00470.1737-0.2190.06710.1420.10370.01690.278-0.07420.179114.1682-62.9248-21.6967
30.01040.0096-0.0630.0468-0.0130.1158-0.02690.1870.05020.03950.2257-0.3873-0.23130.17730.10740.0932-0.26180.12360.2911-0.33920.856639.67-35.2184-45.4781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 54 THROUGH 167 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 168 THROUGH 725 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 726 THROUGH 967 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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