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万見
- PDB-3zkc: Crystal structure of the master regulator for biofilm formation S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkc
タイトルCrystal structure of the master regulator for biofilm formation SinR in complex with DNA.
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*TP*TP)-3'
  • HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / BIOFILM / HTH TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator SinR
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Newman, J.A. / Rodrigues, C. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular Basis of the Activity of Sinr, the Master Regulator of Biofilm Formation in Bacillus Subtilis.
著者: Newman, J.A. / Rodrigues, C. / Lewis, R.J.
履歴
登録2013年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
C: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*TP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9104
ポリマ－38,9104
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-51.3 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.364, 79.739, 67.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR


分子量: 13009.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06533
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP)-3'


分子量: 6454.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP *AP*GP*AP*AP*CP*TP*TP)-3'


分子量: 6436.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.01M ZNCL2, 0.1M SODIUM ACTEATE, PH 5.0, 20% (W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.977
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40.5 Å / Num. obs: 13020 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 102.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B0N

1b0n


解像度: 3→40.556 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 31.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 608 4.7 %
Rwork0.2417 --
obs0.2427 13012 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数978 856 0 0 1834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7882803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.382793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.30190.35731460.33263055X-RAY DIFFRACTION94
3.3019-3.77940.35481640.27183081X-RAY DIFFRACTION94
3.7794-4.76050.29751430.24593152X-RAY DIFFRACTION96
4.7605-40.55960.21611550.22193116X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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