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- PDB-3zig: SepF-like protein from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zig
タイトルSepF-like protein from Pyrococcus furiosus
要素SEPF-LIKE PROTEIN
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性Cell division protein SepF, archaea / SepF-like protein / Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Cell division protein SepF
機能・相同性情報
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS COM1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Duman, R. / Ishikawa, S. / Celik, I. / Ogasawara, N. / Lowe, J. / Hamoen, L.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and Genetic Analyses Reveal the Protein Sepf as a New Membrane Anchor for the Z Ring.
著者: Duman, R. / Ishikawa, S. / Celik, I. / Strahl, H. / Ogasawara, N. / Troc, P. / Lowe, J. / Hamoen, L.W.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEPF-LIKE PROTEIN
B: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9922
ポリマ－18,9922
非ポリマー00
水52229
1
A: SEPF-LIKE PROTEIN

A: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9922
ポリマ－18,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_574x,x-y+2,-z-1/61
Buried area1680 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
2
B: SEPF-LIKE PROTEIN

B: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9922
ポリマ－18,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_574x,x-y+2,-z-1/61
Buried area1710 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.327, 59.327, 177.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-113-

CYS

21A-2014-

HOH

31B-2009-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 51:112 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 51:112 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 114:128 )
212CHAIN B AND (RESSEQ 114:128 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.877306, 0.198287, -0.437054), (0.166965, 0.727675, 0.665291), (0.449952, -0.656637, 0.605286)9.3564, 46.3102, 42.7424
2given(0.892401, 0.183658, -0.412176), (0.167554, 0.713255, 0.680583), (0.418981, -0.676415, 0.605738)11.223, 47.1033, 41.8967

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要素

#1: タンパク質 SEPF-LIKE PROTEIN


分子量: 9496.246 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 46-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS COM1 (古細菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: I6V3Q6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 25% W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.58 Å / Num. obs: 7036 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→29.581 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 615 5.1 %
Rwork0.2186 --
obs0.2223 7036 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.815 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.674 Å20 Å20 Å2
2---5.674 Å20 Å2
3---11.348 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 0 29 1301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9731737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.654509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004207
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
21A112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.75140.33211770.26712855X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-3.14920.38461480.23012869X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.96610.32011480.22832887X-RAY DIFFRACTION100
3.9661-29.58270.21041420.19452876X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8642-1.4201-0.22561.4612-0.43370.98840.13870.0208-0.4546-0.11850.02290.0356-0.10690.0336-0.15390.12370.0267-0.01520.1749-0.05230.196-20.374843.8822-16.2302
20.7803-0.3179-0.22241.5042-0.37060.9726-0.07520.1272-0.0551-0.1346-0.0205-0.03930.0993-0.04170.05170.11280.01710.04190.134-0.05440.0831-53.059531.0663-24.329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 51:128
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESSEQ 51:128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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