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- PDB-3zif: Cryo-EM structures of two intermediates provide insight into aden... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zif
タイトルCryo-EM structures of two intermediates provide insight into adenovirus assembly and disassembly
要素
  • HEXON PROTEIN
  • PENTON PROTEIN
  • PIX
  • PVIII
キーワードVIRUS / ASSEMBLY INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral process / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain ...: / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Hexon protein / PIX
類似検索 - 構成要素
生物種BOVINE ADENOVIRUS 3 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Cheng, L. / Huang, X. / Li, X. / Xiong, W. / Sun, W. / Yang, C. / Zhang, K. / Wang, Y. / Liu, H. / Ji, G. ...Cheng, L. / Huang, X. / Li, X. / Xiong, W. / Sun, W. / Yang, C. / Zhang, K. / Wang, Y. / Liu, H. / Ji, G. / Sun, F. / Zheng, C. / Zhu, P.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structures of two bovine adenovirus type 3 intermediates.
著者: Lingpeng Cheng / Xiaoxing Huang / Xiaomin Li / Wei Xiong / Wei Sun / Chongwen Yang / Kai Zhang / Ying Wang / Hongrong Liu / Xiaojun Huang / Gang Ji / Fei Sun / Congyi Zheng / Ping Zhu /
要旨: Adenoviruses (Ads) infect hosts from all vertebrate species and have been investigated as vaccine vectors. We report here near-atomic structures of two bovine Ad type 3 (BAd3) intermediates obtained ...Adenoviruses (Ads) infect hosts from all vertebrate species and have been investigated as vaccine vectors. We report here near-atomic structures of two bovine Ad type 3 (BAd3) intermediates obtained by cryo-electron microscopy. A comparison between the two intermediate structures reveals that the differences are localized in the fivefold vertex region, while their facet structures are identical. The overall facet structure of BAd3 exhibits a similar structure to human Ads; however, BAd3 protein IX has a unique conformation. Mass spectrometry and cryo-electron tomography analyses indicate that one intermediate structure represents the stage during DNA encapsidation, whilst the other intermediate structure represents a later stage. These results also suggest that cleavage of precursor protein VI occurs during, rather than after, the DNA encapsidation process. Overall, our results provide insights into the mechanism of Ad assembly, and allow the first structural comparison between human and nonhuman Ads at backbone level.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "JK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2273
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2273
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEXON PROTEIN
B: HEXON PROTEIN
C: HEXON PROTEIN
D: HEXON PROTEIN
E: HEXON PROTEIN
F: HEXON PROTEIN
G: HEXON PROTEIN
H: HEXON PROTEIN
I: HEXON PROTEIN
J: HEXON PROTEIN
K: HEXON PROTEIN
L: HEXON PROTEIN
M: PENTON PROTEIN
N: PIX
O: PIX
P: PIX
Q: PIX
R: PVIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,371,53618
ポリマ－1,371,53618
非ポリマー00
水00
1
A: HEXON PROTEIN
B: HEXON PROTEIN
C: HEXON PROTEIN
D: HEXON PROTEIN
E: HEXON PROTEIN
F: HEXON PROTEIN
G: HEXON PROTEIN
H: HEXON PROTEIN
I: HEXON PROTEIN
J: HEXON PROTEIN
K: HEXON PROTEIN
L: HEXON PROTEIN
M: PENTON PROTEIN
N: PIX
O: PIX
P: PIX
Q: PIX
R: PVIII
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,292,1441080
ポリマ－82,292,1441080
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: HEXON PROTEIN
B: HEXON PROTEIN
C: HEXON PROTEIN
D: HEXON PROTEIN
E: HEXON PROTEIN
F: HEXON PROTEIN
G: HEXON PROTEIN
H: HEXON PROTEIN
I: HEXON PROTEIN
J: HEXON PROTEIN
K: HEXON PROTEIN
L: HEXON PROTEIN
M: PENTON PROTEIN
N: PIX
O: PIX
P: PIX
Q: PIX
R: PVIII
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 6.86 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,857,67990
ポリマ－6,857,67990
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: HEXON PROTEIN
B: HEXON PROTEIN
C: HEXON PROTEIN
D: HEXON PROTEIN
E: HEXON PROTEIN
F: HEXON PROTEIN
G: HEXON PROTEIN
H: HEXON PROTEIN
I: HEXON PROTEIN
J: HEXON PROTEIN
K: HEXON PROTEIN
L: HEXON PROTEIN
M: PENTON PROTEIN
N: PIX
O: PIX
P: PIX
Q: PIX
R: PVIII
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 8.23 MDa, 108 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,229,214108
ポリマ－8,229,214108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

-
要素

#1: タンパク質
HEXON PROTEIN / LATE PROTEIN 2 / BOVINE ADENOVIRUS 3


分子量: 103148.008 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOVINE ADENOVIRUS 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: P03278
#2: タンパク質 PENTON PROTEIN / BOVINE ADENOVIRUS 3


分子量: 55135.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOVINE ADENOVIRUS 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: O71096
#3: タンパク質
PIX / BOVINE ADENOVIRUS 3


分子量: 13719.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOVINE ADENOVIRUS 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q64845
#4: タンパク質 PVIII / BOVINE ADENOVIRUS 3


分子量: 23746.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOVINE ADENOVIRUS 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: O92788

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BOVINE ADENOVIRUS TYPE 3 / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: PBS / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHAN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月2日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 125390 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN
画像スキャンデジタル画像の数: 1275
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1IMIRS３次元再構成
2ISAF３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL IMAGES
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 4.5 Å / 粒子像の数: 11910 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.16 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2273. (DEPOSITION ID: 11337).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数94377 0 0 0 94377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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