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- PDB-3zie: SepF-like protein from Archaeoglobus fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zie
タイトルSepF-like protein from Archaeoglobus fulgidus
要素SEPF-LIKE PROTEIN
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell septum assembly
類似検索 - 分子機能
Cell division protein SepF, archaea / SepF-like protein / Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF552 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Duman, R. / Ishikawa, S. / Celik, I. / Ogasawara, N. / Lowe, J. / Hamoen, L.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and Genetic Analyses Reveal the Protein Sepf as a New Membrane Anchor for the Z Ring
著者: Duman, R. / Ishikawa, S. / Celik, I. / Strahl, H. / Ogasawara, N. / Troc, P. / Lowe, J. / Hamoen, L.W.
履歴
登録2013年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SEPF-LIKE PROTEIN
B: SEPF-LIKE PROTEIN
C: SEPF-LIKE PROTEIN
D: SEPF-LIKE PROTEIN
E: SEPF-LIKE PROTEIN
F: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5436
ポリマ－58,5436
非ポリマー00
水6,702372
1
A: SEPF-LIKE PROTEIN
B: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5142
ポリマ－19,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
2
E: SEPF-LIKE PROTEIN
F: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5142
ポリマ－19,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-18.7 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
3
C: SEPF-LIKE PROTEIN
D: SEPF-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5142
ポリマ－19,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.020, 64.090, 82.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 39 - 116 / Label seq-ID: 3 - 80

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6902, -0.7222, -0.0443), (0.7231, 0.6863, 0.07793), (-0.02588, 0.08582, -0.996)110, 47.56, -10.6
2given(-0.5361, 0.8441, -0.01107), (-0.8401, -0.5347, -0.09167), (-0.0833, -0.03984, 0.9957)51.75, 89.43, 34.62
3given(0.9817, -0.1875, 0.0322), (-0.1878, -0.9822, 0.007406), (0.03024, -0.01332, -0.9995)7.808, 73.2, -39.73
4given(-0.4908, 0.8693, -0.05946), (0.8702, 0.4925, 0.01724), (0.04427, -0.04328, -0.9981)45.58, -90.93, -28.64
5given(-0.2879, -0.9561, 0.05507), (0.9576, -0.287, 0.02468), (-0.007793, 0.05984, 0.9982)144.9, -49.67, 13.23

-
要素

#1: タンパク質
SEPF-LIKE PROTEIN


分子量: 9757.095 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 37-122 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O29476
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 30 %W/V PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793, 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97981
反射解像度: 1.96→27 Å / Num. obs: 39136 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 22.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 3.482 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24416 1942 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19073 37158 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3959 0 0 372 4331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0551.995391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1735494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.61824.333180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81415781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9941536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.253.52470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09444035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28651525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9936.51356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 614 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.480.5
2Bmedium positional0.530.5
3Cmedium positional0.650.5
4Dmedium positional0.60.5
5Emedium positional0.640.5
6Fmedium positional0.570.5
1Amedium thermal1.522
2Bmedium thermal1.72
3Cmedium thermal2.042
4Dmedium thermal1.692
5Emedium thermal1.852
6Fmedium thermal1.612
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 125 -
Rwork0.187 2730 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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