PDB-3zfv: Crystal structure of an archaeal CRISPR-associated Cas6 nuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zfv

タイトル

Crystal structure of an archaeal CRISPR-associated Cas6 nuclease

要素

CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Reeks, J. / Liu, H. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure of a Dimeric Crenarchaeal Cas6 Enzyme with an Atypical Active Site for Crispr RNA Processing
著者: Reeks, J. / Sokolowski, R. / Graham, S. / Liu, H. / Naismith, J.H. / White, M.F.

履歴

登録	2012年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zfv.cif.gz	417.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zfv.ent.gz	346.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zfv_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zfv_full_validation.pdf.gz	485.2 KB	表示
XML形式データ	3zfv_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	3zfv_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/3zfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/3zfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xch-1 2xck-1 2pe2-2 4ilr-1 4c9d-d 5clt-3 2zts-d 3nun-2 4m3n-d 1c9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

B: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

C: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

D: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

B: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

D: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

C: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.650, 127.460, 83.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS6 1 / SSO1437 分子量: 33163.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: Q97Y96, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE FIRST SEVEN RESIDUES (GIDPFTV) ARE AN ARTIFACT OF CLONING AND REPLACE THE FIRST METHIONINE OF ...THE FIRST SEVEN RESIDUES (GIDPFTV) ARE AN ARTIFACT OF CLONING AND REPLACE THE FIRST METHIONINE OF THE NATURAL PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9.1 / 詳細: 0.05 M BICINE PH 9.1, 28 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→78.33 Å / Num. obs: 34686 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→78.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 28.297 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.31 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED REFINEMENT WAS PERFORMED USING THE COMMAND NCSR LOCAL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23557	1750	5 %	RANDOM
R_work	0.20457	-	-	-
obs	0.20616	32914	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0.32 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→78.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8165	0	6	9	8180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.994	11219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.358	3	14539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.32	5	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.641	22.607	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.392	15	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.894	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	128	-
R_work	0.324	2372	-
obs	-	-	98.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	47.7672	20.4802	-40.2881	10.3086	-9.077	78.8064	-1.179	-2.433	-3.863	-1.0247	-0.8883	-1.7859	-0.8933	1.7565	2.0673	0.5189	-0.2705	-0.1785	0.4457	0.4665	0.8349	9.9128	1.9665	28.4719
2	8.3996	-0.0606	-2.6603	3.2369	-0.8241	5.9089	-0.1051	-0.3819	-0.4773	0.135	0.1041	-0.0869	0.8137	-0.0636	0.001	0.383	0.0243	-0.0106	0.1198	0.0173	0.1678	27.0774	1.6286	22.5526
3	3.6649	0.148	2.0455	2.5432	0.1159	4.6491	-0.0073	-0.3724	-0.3551	0.3385	0.0319	0.1619	0.4947	-0.2341	-0.0246	0.1187	0.0047	0.0651	0.0395	0.0443	0.126	11.537	16.5666	11.9687
4	4.4757	3.1095	1.5045	7.9813	2.3526	8.5632	-0.0884	0.3094	0.4164	-0.5758	0.2653	0.4033	-0.4005	-0.1164	-0.1769	0.301	-0.0741	0.0995	0.1202	0.0882	0.3055	18.5167	56.2441	-8.1802
5	3.1	0.4379	-0.2239	3.9963	1.888	3.1577	-0.1295	0.2376	0.1142	-0.4072	0.0055	0.2456	-0.4352	-0.2837	0.124	0.0807	0.0186	-0.0169	0.0558	0.0196	0.1054	9.0813	32.3791	-2.5104
6	1.8264	0.7988	-0.9731	11.6604	8.3277	8.307	-0.3502	-0.0362	0.122	-0.5826	0.4244	0.3251	-0.1199	0.5607	-0.0742	0.2168	-0.0713	-0.0254	0.1589	0.0552	0.1932	15.3371	37.9192	-7.4085
7	8.0832	3.5672	2.2807	4.5843	2.1549	4.9667	-0.1428	-0.8479	0.0445	0.1375	0.1048	-0.6729	0.1606	0.1088	0.038	0.1077	0.148	0.0487	0.3266	-0.1262	0.5439	47.6607	25.3418	14.7297
8	2.8653	1.0736	0.5971	4.8469	0.8328	3.1046	-0.0479	-0.0071	-0.3352	0.3407	0.2624	-0.7624	0.2403	0.3901	-0.2145	0.0752	0.1131	-0.0606	0.2702	-0.1823	0.3278	37.9407	46.8917	26.6255
9	2.7467	4.3727	1.6096	11.7068	1.933	1.7432	0.105	0.5785	-0.3702	0.4599	0.4796	-1.2011	0.3094	0.9764	-0.5847	0.1507	0.1979	-0.1075	0.653	-0.4634	0.7712	46.4004	44.2649	21.8532
10	2.5701	0.2743	-2.011	4.6944	2.6274	6.6211	-0.2645	0.0649	0.6492	-0.5622	-0.2087	0.5376	-0.6436	-0.28	0.4732	0.1959	0.0015	-0.1831	0.0538	-0.0838	0.443	57.8259	17.0787	-14.0257
11	3.952	0.1508	-0.8738	3.499	2.3627	5.265	-0.1162	0.2925	0.163	-0.3439	-0.1051	0.1582	-0.2225	-0.1758	0.2213	0.0507	-0.0142	0.0054	0.0476	-0.0056	0.3159	60.647	13.4851	-16.7204
12	4.3592	0.2981	0.7134	2.5995	-0.3263	3.8835	-0.1609	0.0114	0.2891	-0.257	0.1777	0.1438	-0.272	-0.1961	-0.0168	0.0733	-0.0362	-0.0286	0.0736	0.0537	0.1294	47.7185	-2.2656	-27.1034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	122 - 258
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	259 - 283
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	6 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	128 - 249
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	250 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	35 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	127 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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