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- PDB-3zeu: Structure of a Salmonella typhimurium YgjD-YeaZ heterodimer bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zeu
タイトルStructure of a Salmonella typhimurium YgjD-YeaZ heterodimer bound to ATPgammaS
要素
  • PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
  • PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / nucleotide binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Thompson, P. / El Omari, K. / Lockyer, M. / Charles, I. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
著者: Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Thompson, P. / Omari, K.E. / Lockyer, M. / Charles, I. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Atomic model / Database references / Structure summary
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
B: PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
D: PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
E: PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,23518
ポリマ－121,9644
非ポリマー2,27114
水15,529862
1
D: PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
E: PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0828
ポリマ－60,9822
非ポリマー1,1006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-104.3 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
B: PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,15310
ポリマ－60,9822
非ポリマー1,1718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.214, 68.084, 87.624
Angle α, β, γ (deg.)107.66, 92.63, 116.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ / YEAZ


分子量: 25000.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
株: STRAIN 4/74 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E8X8J1
#2: タンパク質 PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP / T(6)A37 THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN / YGJD


分子量: 35981.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TITLE STRUCTURE OF A SALMONELLA TYPHIMURIUM YGJD-YEAZ HETERODIMER BOUND TO ATPGAMMAS
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E8XBD7, UniProt: P40731*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 876分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 16% PEG3350, 0.1M TRIS PH8.0, 0.2M AMMONIUM SULPHATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9755
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 135840 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 14.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.653→29.085 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1863 6812 5 %
Rwork0.159 --
obs0.1604 135337 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.653→29.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8459 0 126 862 9447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14712477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8753319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6528-1.67160.26871520.253112X-RAY DIFFRACTION70
1.6716-1.69120.23542040.24353854X-RAY DIFFRACTION86
1.6912-1.71190.25892260.23264203X-RAY DIFFRACTION94
1.7119-1.73350.26411940.2284243X-RAY DIFFRACTION95
1.7335-1.75630.25692490.21254245X-RAY DIFFRACTION95
1.7563-1.78040.24132210.20984266X-RAY DIFFRACTION96
1.7804-1.80580.23992130.2034275X-RAY DIFFRACTION95
1.8058-1.83280.22182170.18874282X-RAY DIFFRACTION96
1.8328-1.86140.22512500.18354248X-RAY DIFFRACTION96
1.8614-1.89190.20042520.17444323X-RAY DIFFRACTION96
1.8919-1.92450.19422220.16334240X-RAY DIFFRACTION96
1.9245-1.95950.21582480.16364312X-RAY DIFFRACTION97
1.9595-1.99720.18532290.1554334X-RAY DIFFRACTION97
1.9972-2.0380.17132470.14784324X-RAY DIFFRACTION97
2.038-2.08230.17662350.14994323X-RAY DIFFRACTION97
2.0823-2.13070.19532240.1534393X-RAY DIFFRACTION97
2.1307-2.1840.18772600.15114304X-RAY DIFFRACTION97
2.184-2.2430.19942360.15414308X-RAY DIFFRACTION98
2.243-2.3090.20072120.15514394X-RAY DIFFRACTION98
2.309-2.38350.20072090.15164428X-RAY DIFFRACTION98
2.3835-2.46860.18642180.15114356X-RAY DIFFRACTION98
2.4686-2.56740.1822310.15264385X-RAY DIFFRACTION98
2.5674-2.68420.19662260.15724426X-RAY DIFFRACTION98
2.6842-2.82560.18092400.16044400X-RAY DIFFRACTION98
2.8256-3.00240.19172390.16214373X-RAY DIFFRACTION98
3.0024-3.2340.18472350.1624437X-RAY DIFFRACTION99
3.234-3.55890.16852210.15174417X-RAY DIFFRACTION99
3.5589-4.07270.16672280.13644447X-RAY DIFFRACTION99
4.0727-5.12660.14052400.13074431X-RAY DIFFRACTION99
5.1266-29.090.1512340.15264442X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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