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- PDB-3zec: Fic protein from SHEWANELLA ONEIDENSIS (E73G mutant) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zec
タイトルFic protein from SHEWANELLA ONEIDENSIS (E73G mutant) in complex with AMPPNP
要素ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE SOFIC
キーワードTRANSFERASE / AMPYLATION / ADENYLYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Fic/DOC N-terminal / Protein adenylyltransferase SoFic-like / : / Fic/DOC family N-terminal / Protein adenylyltransferase SoFic-like, C-terminal domain / Fido domain-containing protein / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein adenylyltransferase SoFic
類似検索 - 構成要素
生物種SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goepfert, A. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Conserved Inhibitory Mechanism and Competent ATP Binding Mode for Adenylyltransferases with Fic Fold.
著者: Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Dehio, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE SOFIC
B: ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE SOFIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1755
ポリマ－86,1392
非ポリマー1,0373
水12,520695
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-22.8 kcal/mol
Surface area32780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.320, 80.630, 141.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE SOFIC / AMPYLATOR SOFIC / FIC DOMAIN CONTAINING TRANSCRIPTION REGULATOR


分子量: 43069.316 Da / 分子数: 2 / 断片: FIC DOMAIN RESIDUES 2-372 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: Q8E9K5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.1 / 詳細: 22% W/V PEG3350, 0.2M NAF PH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.66 Å / Num. obs: 42250 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.57
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.33 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EQX

3eqx


解像度: 2.2→14.993 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LOCAL TORSION-ANGLE NCS RESTRAINTS AS IMPLEMENTED IN PHENIX HAVE BEEN APPLIED FOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1992 4.7 %
Rwork0.1623 --
obs0.1645 42085 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5922 0 63 695 6680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1928470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9962381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.27850.2961970.20043956X-RAY DIFFRACTION100
2.2785-2.36940.26311960.1943962X-RAY DIFFRACTION100
2.3694-2.47680.21681960.17423944X-RAY DIFFRACTION100
2.4768-2.60670.23831980.16673972X-RAY DIFFRACTION100
2.6067-2.76910.22141970.16793963X-RAY DIFFRACTION100
2.7691-2.98130.21871990.16894008X-RAY DIFFRACTION100
2.9813-3.27850.23541980.17433984X-RAY DIFFRACTION100
3.2785-3.74640.20712000.15564032X-RAY DIFFRACTION100
3.7464-4.69590.16922020.13724067X-RAY DIFFRACTION100
4.6959-14.99340.17832090.15294205X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0468-0.0004-0.26752.2312-0.71490.7179-0.0008-0.39680.01350.6015-0.03210.0209-0.15690.0370.00540.16920.00480.00910.17220.02920.068514.2105-22.44321.7806
20.6739-0.0777-0.00731.76120.36421.7179-0.03720.1033-0.0637-0.2373-0.0542-0.015-0.0409-0.09030.07340.046-0.00530.02790.0687-0.00760.081319.929-20.3618-7.3763
32.0848-0.8723-1.08422.85870.89612.0624-0.03470.165-0.239-0.2312-0.0423-0.03130.1546-0.23920.06420.1077-0.0362-0.01370.08360.00180.127113.0079-36.7761-6.958
40.1773-0.0530.15990.16160.3651.32530.0995-0.1649-0.59480.11550.0231-0.01740.4063-0.2354-0.11650.1462-0.01470.01680.11720.07810.329415.7473-40.643616.0666
50.82350.2861-0.21560.9595-0.04771.1650.0085-0.0288-0.04-0.01630.00910.0255-0.0373-0.0394-0.00740.02010.0202-0.00990.0376-0.00340.040118.5347-23.85021.6547
60.90150.40880.31180.98120.72841.4663-0.37170.3701-0.4916-0.3211-0.38010.14730.0536-0.52520.01070.2634-0.0380.04050.4488-0.40840.208821.1177-33.0688-30.0171
70.2551-0.4428-0.21881.73670.56380.2265-0.0964-0.05530.04510.3187-0.0016-0.0207-0.0451-0.0416-0.00390.2296-0.0079-0.11230.20820.01220.161927.770820.394212.4648
80.45380.10850.30180.85190.30941.5563-0.05950.0730.0902-0.12670.0117-0.0032-0.1142-0.04960.03320.09140.01020.02650.08730.02880.113617.72889.6141-15.7115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 73 THROUGH 131 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 132 THROUGH 160 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 161 THROUGH 292 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 293 THROUGH 370 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 0 THROUGH 27 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 28 THROUGH 370 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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