PDB-3zdn: D11-C mutant of monoamine oxidase from Aspergillus niger

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zdn

タイトル

D11-C mutant of monoamine oxidase from Aspergillus niger

要素

MONOAMINE OXIDASE N

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVIN DEPENDENT OXIDASE / AMINES

機能・相同性

機能・相同性情報

monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Frank, A. / Ghislieri, D. / Willies, S. / Turner, N.J. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Engineering an Enantioselective Amine Oxidase for the Synthesis of Pharmaceutical Building Blocks and Alkaloid Natural Products.
著者: Ghislieri, D. / Green, A.P. / Pontini, M. / Willies, S.C. / Rowles, I. / Frank, A. / Grogan, G. / Turner, N.J.

履歴

登録	2012年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zdn.cif.gz	389.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zdn.ent.gz	315.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vvmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vvm-d 2vvl-2 2vvl-4 2xau-1 1aig-2 7jfp-d 6fpj-1 7c6h-d 2vvl-1 2uww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MONOAMINE OXIDASE N

B: MONOAMINE OXIDASE N

C: MONOAMINE OXIDASE N

D: MONOAMINE OXIDASE N

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MONOAMINE OXIDASE N

B: MONOAMINE OXIDASE N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MONOAMINE OXIDASE N

D: MONOAMINE OXIDASE N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.600, 119.340, 178.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 486
2	1	1	4	B	1 - 486
3	1	1	4	C	1 - 486
4	1	1	4	D	1 - 486

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.799619, 0.594674, -0.083496), (0.596463, 0.77041, -0.225166), (-0.069574, -0.22985, -0.970736)	-16.17418, 8.84494, 26.35791
3	given	(-0.142732, -0.163862, 0.976103), (-0.156604, -0.970038, -0.185744), (0.977294, -0.179373, 0.112794)	-59.8098, -104.71661, 35.42658
4	given	(-0.052889, -0.430425, -0.901075), (-0.430185, -0.804498, 0.409542), (-0.90119, 0.409289, -0.142613)	-33.19079, -115.60168, 20.49133

#1: タンパク質	MONOAMINE OXIDASE N / AMINE OXIDASE MAO-N 分子量: 55367.062 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P46882, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MUTATIONS AS LISTED [I246T, N336S, M348K, T384N, D385S, F210E, L213T, M242Q, W430G]

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 22% (W/V) PEG3350, 0.2M NA2SO4, 0.1M BIS-TRIS PROPANE AT PH 7.0 AND 200 MM PROLINE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→99.26 Å / Num. obs: 96920 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.55→2.63 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVM

2vvm

解像度: 2.55→99.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 7.473 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21428	3836	5 %	RANDOM
R_work	0.15267	-	-	-
obs	0.15576	72593	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→99.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14793	0	228	539	15560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	15419
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.942	20966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.72	5	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.945	22.784	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.188	15	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.603	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3652 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.23	0.5
2	B	medium positional	0.22	0.5
3	C	medium positional	0.24	0.5
4	D	medium positional	0.25	0.5
1	A	medium thermal	6.83	2
2	B	medium thermal	4.69	2
3	C	medium thermal	5.08	2
4	D	medium thermal	6.72	2

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	282	-
R_work	0.194	5293	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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