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- PDB-3zcb: VbhT Fic protein from Bartonella schoenbuchensis in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zcb
タイトルVbhT Fic protein from Bartonella schoenbuchensis in complex with VbhA antitoxin mutant E24G and ATP
要素
  • ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE VBHT
  • ANTITOXIN VBHA
キーワードTRANSFERASE/ANTITOXIN / TRANSFERASE-ANTITOXIN COMPLEX / AMPYLATION / ADENYLYLATION / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein adenylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA-like / Bartonella effector protein, BID domain / Antitoxin VbhA domain superfamily / BID domain of Bartonella effector protein (Bep) / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily ...Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA-like / Bartonella effector protein, BID domain / Antitoxin VbhA domain superfamily / BID domain of Bartonella effector protein (Bep) / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein adenylyltransferase VbhT / Antitoxin VbhA
類似検索 - 構成要素
生物種BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Goepfert, A. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Conserved Inhibitory Mechanism and Competent ATP Binding Mode for Adenylyltransferases with Fic Fold.
著者: Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Dehio, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2012年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE VBHT
B: ANTITOXIN VBHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0085
ポリマ－30,3842
非ポリマー6243
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-33.6 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.460, 40.250, 73.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2052-

HOH

21A-2053-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE VBHT / AMPYLATOR VBHT / VBHT TOXIN


分子量: 23208.004 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-198 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: E6Z0R3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 ANTITOXIN VBHA / VBHA ANTITOXIN


分子量: 7176.108 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: E6Z0R4

-
非ポリマー , 4種, 137分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 16% W/V PEG4000, 0.1M MES PH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS-2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→45.44 Å / Num. obs: 19937 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.39
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SHG

3shg


解像度: 1.94→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.985 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24931 1014 5.1 %RANDOM
Rwork0.1951 ---
obs0.1978 18923 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-1.78 Å2
2--5.87 Å20 Å2
3----2.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 38 134 2183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9732805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76734450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9375243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30422.92113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4115364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1561525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 70 -
Rwork0.299 1355 -
obs--96.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40320.1041-0.36250.2263-0.21161.3308-0.0513-0.0172-0.0025-0.01070.03690.00440.0168-0.02940.01440.0270.0022-0.00180.0103-0.00640.0833-3.8230.262820.5879
20.38660.3277-0.3341.0742-0.33151.19920.0130.04470.0266-0.07630.01210.040.1168-0.2693-0.02510.0284-0.0251-0.01260.0677-0.010.076-17.61261.01385.3429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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