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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zc7 | ||||||
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タイトル | VbhT Fic protein from Bartonella schoenbuchensis in complex with VbhA antitoxin and ATP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/ANTITOXIN / TRANSFERASE-ANTITOXIN COMPLEX / AMPYLATION / ADENYLYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein adenylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Goepfert, A. / Schirmer, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Conserved Inhibitory Mechanism and Competent ATP Binding Mode for Adenylyltransferases with Fic Fold. 著者: Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Dehio, C. / Schirmer, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zc7.cif.gz | 129.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zc7.ent.gz | 100.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zc7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zc7_validation.pdf.gz | 787.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zc7_full_validation.pdf.gz | 789 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3zc7_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zc7_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29745.154 Da / 分子数: 1 / 断片: FIC DOMAIN, RESIDUES 1-248 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: E6Z0R3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7379.365 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-62 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E6Z0R4 |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.1M MES PH 6.5. THEN SOAKED WITH 5MM ATP AND 5MM MGCL2U. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.36 Å / Num. obs: 15824 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.89 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / % possible all: 93.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3SHG 解像度: 2.1→15 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 3.3513 Å2 / ksol: 1.0016 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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