+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ygs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | APOPTOSIS / CASPASE ACTIVATION / CASPASE RECRUITMENT / RECOGNITION COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() caspase-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion ...caspase-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / AKT phosphorylates targets in the cytosol / fibroblast apoptotic process / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Transcriptional Regulation by E2F6 / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein maturation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / signal transduction in response to DNA damage / forebrain development / cardiac muscle cell apoptotic process / enzyme activator activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / response to nutrient / kidney development / neural tube closure / response to ischemia / positive regulation of apoptotic signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / ADP binding / SH3 domain binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / nervous system development / peptidase activity / regulation of apoptotic process / secretory granule lumen / neuron apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / response to lipopolysaccharide / cell differentiation / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / nucleotide binding / apoptotic process / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, H. / Srinivasula, S. / Wu, G. / Fernandes-Alnemri, T. / Alnemri, E. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of procaspase-9 recruitment by the apoptotic protease-activating factor 1. 著者: Qin, H. / Srinivasula, S.M. / Wu, G. / Fernandes-Alnemri, T. / Alnemri, E.S. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 375.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10925.555 Da / 分子数: 1 / 断片: CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 11312.906 Da / 分子数: 1 / 断片: PRODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P55211, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 134080 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 12452 / Num. measured all: 134080 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.2 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 10 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.46 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.35 |