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- PDB-3x3m: Crystal structure of EccB1 of Mycobacterium tuberculosis in space... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x3m
タイトルCrystal structure of EccB1 of Mycobacterium tuberculosis in spacegroup P212121
要素ESX-1 secretion system protein EccB1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / alpha-beta-alpha sandwich / beta-sheet / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / peptidoglycan-based cell wall / hydrolase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich ...Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ESX-1 secretion system ATPase EccB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, X.L. / Li, D.F. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: Core component EccB1 of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system is a periplasmic ATPase.
著者: Zhang, X.L. / Li, D.F. / Fleming, J. / Wang, L.W. / Zhou, Y. / Wang, D.C. / Zhang, X.E. / Bi, L.J.
履歴
登録2015年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein EccB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7853
ポリマ－45,7051
非ポリマー802
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.630, 108.730, 114.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein EccB1 / Secretion protein EccB


分子量: 45704.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-480 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: LH57_21080, P425_04028, Rv3869, RVBD_3869 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6Y4Q7, UniProt: P9WNR7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Tris-Cl pH 7.5, 100mM magnesium formate, 15% [w/v] PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.42 Å / Num. all: 32078 / Num. obs: 31116 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3779 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X3N

3x3n


解像度: 1.9→36.021 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1993 6.42 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
all0.1869 32078 --
obs0.1869 31051 96.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.978 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8093 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.2313 Å2-0 Å2
3---0.422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 2 488 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9364178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8371111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.94750.30481080.2337158675
1.9475-2.00020.26911320.1981184188
2.0002-2.0590.25331310.198204397
2.059-2.12550.25651400.1883205897
2.1255-2.20140.21121490.1794206599
2.2014-2.28960.26331330.1898211698
2.2896-2.39380.22021540.19052094100
2.3938-2.51990.25651390.1862211399
2.5199-2.67780.241480.1906212699
2.6778-2.88440.22191430.19832165100
2.8844-3.17450.24511550.18692146100
3.1745-3.63350.24391480.18132160100
3.6335-4.57640.17751530.15332215100
4.5764-36.02730.1931600.19212330100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5722-0.5809-0.43251.47030.87171.13330.00060.0368-0.06960.029-0.02890.03590.1685-0.0218-0.00230.0557-0.0036-0.02410.06470.00610.063710.3775-16.0808-8.9933
20.27160.0107-0.00482.83271.0890.4256-0.02120.03680.03250.03790.03420.0138-0.04150.0123-0.0130.0706-0.0029-0.00060.10280.02740.06174.811821.72329.3909
31.3469-0.3465-0.28761.57620.59131.4224-0.040.0952-0.1622-0.1065-0.00890.00370.12750.04850.04070.04680.0166-0.02340.0603-0.01180.072913.6206-12.8499-9.0193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ -1:135)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 136:293)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 294:394)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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