[日本語] English
万見
- PDB-3x2p: Neutron and X-ray joint refined structure of PcCel45A with cellop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x2p
タイトルNeutron and X-ray joint refined structure of PcCel45A with cellopentaose at 298K.
要素Endoglucanase V-like protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellopentaose / DEUTERATED WATER / Endoglucanase V-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法中性子回折 / X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.518 Å
データ登録者Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Tanaka, I. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: "Newton's cradle" proton relay with amide-imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography.
著者: Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Fushinobu, S. / Tanaka, I. / Kaneko, S. / Ohta, K. / Tanaka, H. / Inaka, K. / Higuchi, Y. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Other
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation ...diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_radiation.wavelength_id ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_radiation.wavelength_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase V-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0082
ポリマ－18,1791
非ポリマー8291
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.478, 58.635, 64.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase V-like protein


分子量: 18178.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: egv, PcCel45A / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3Y002
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

-
実験情報

-
実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 60% 3-methyl-1,5-pentanediol, 50mM Tris-HCl, 2.5mM Cellopentaose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
SPALLATION SOURCEORNL Spallation Neutron Source MANDI11.5-20.4
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A21
検出器
タイプID検出器日付
IBIX (BL03), J-PARC1STORAGE PHOSPHORS2014年5月11日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2014年6月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1NEUTRON TIME-OF-FLIGHTLAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.51
220.41
311
反射

Entry-ID: 3X2P

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.5-37.82565194.14.30.2613.5
0.99-509754198.5016.30.0732110
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.552.20.4821.3184
0.99-1.015.90.3415.2292.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
STARGAZERデータ削減
STARGAZERデータスケーリング
精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)Biso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)SU ML位相誤差
1.518-19.685NEUTRON DIFFRACTION0.25970.21840.2192524256242.0491.5410
0.99-37.757X-RAY DIFFRACTION0.14230.13380.13391969974722.0298.4621.52119.4428.71866.850.0712.19
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.518→19.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1269 0 56 149 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0082900
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.2384843
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.928769
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08227
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5183-1.6710.36261140.33515106NEUTRON DIFFRACTION76
1.671-1.91270.32521320.27536385NEUTRON DIFFRACTION94
1.9127-2.40910.24211360.19986704NEUTRON DIFFRACTION98
2.4091-19.68680.17041420.13126905NEUTRON DIFFRACTION98
0.99-1.01470.20191310.20396380X-RAY DIFFRACTION93
1.0147-1.04220.18111370.16736609X-RAY DIFFRACTION96
1.0422-1.07280.15281380.14266644X-RAY DIFFRACTION97
1.0728-1.10750.13161400.1286713X-RAY DIFFRACTION97
1.1075-1.14710.11881410.11756736X-RAY DIFFRACTION98
1.1471-1.1930.13841400.11816765X-RAY DIFFRACTION98
1.193-1.24730.14691380.12346835X-RAY DIFFRACTION99
1.2473-1.3130.15261380.12616801X-RAY DIFFRACTION99
1.313-1.39530.15181420.12926871X-RAY DIFFRACTION100
1.3953-1.5030.12711430.13156942X-RAY DIFFRACTION100
1.503-1.65430.16331420.1386927X-RAY DIFFRACTION100
1.6543-1.89370.14911450.14196981X-RAY DIFFRACTION100
1.8937-2.38580.14881440.13487020X-RAY DIFFRACTION100
2.3858-37.7840.1321500.13147279X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る