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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3x1m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase/PPAT from Pseudomonas aeruginosa with CoA | ||||||
![]() | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann Fold Transferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() [citrate (pro-3S)-lyase] ligase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chatterjee, R. / Datta, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Transition of phosphopantetheine adenylyltransferase from catalytic to allosteric state is characterized by ternary complex formation in Pseudomonas aeruginosa 著者: Chatterjee, R. / Mondal, A. / Basu, A. / Datta, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 17795.473 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: coaD, PA0363, PA2G_04277 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A3LHH1, UniProt: A0A0X1KGP2*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 102分子 ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-FMT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 7.2 詳細: 16% PEG4000, 0.1M HEPES, 200mM Sodium acetate, 5% Isopropanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9748 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→45.25 Å / Num. obs: 20201 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→45.33 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1H1T 解像度: 2.5→45.25 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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