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- PDB-3x1l: Crystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Cmr Complex Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x1l
タイトルCrystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Cmr Complex Bound to a Target Analog
要素
  • (CRISPR system Cmr subunit ...) x 3
  • Cmr4
  • Cmr6
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
  • RNA (32-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA-recognition motif / RNA silencing / RNA binding / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AF1862-like domain / Immunoglobulin-like - #4350 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #70 / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 ...AF1862-like domain / Immunoglobulin-like - #4350 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #70 / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Peroxidase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6 / CRISPR system Cmr subunit Cmr2 / CRISPR system Cmr subunit Cmr3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Osawa, T. / Numata, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the CRISPR-Cas RNA silencing Cmr complex bound to a target analog.
著者: Osawa, T. / Inanaga, H. / Sato, C. / Numata, T.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Structure summary
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system Cmr subunit Cmr2
B: CRISPR system Cmr subunit Cmr3
C: Cmr4
D: Cmr4
E: Cmr4
F: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
G: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
H: Cmr6
I: RNA (32-MER)
J: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,45012
ポリマ－331,36010
非ポリマー902
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45130 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area84880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.489, 76.215, 139.188
Angle α, β, γ (deg.)90.32, 104.83, 118.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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CRISPR system Cmr subunit ... , 3種, 4分子 ABFG

#1: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr2 / CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / subtype III-B


分子量: 78226.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: cmr2, PF1129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1S6
#2: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr3 / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr3


分子量: 36366.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: cmr3, PF1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1S7
#4: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5


分子量: 17407.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: AF_1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28417

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タンパク質 , 2種, 4分子 CDEH

#3: タンパク質 Cmr4


分子量: 39865.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: AF_1863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28416
#5: タンパク質 Cmr6


分子量: 40298.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: AF_1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28418

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RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#6: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 12604.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 参照: GenBank: CP003685
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 9451.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is complementary to entity_id 6 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

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非ポリマー , 3種, 132分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13-15% (w/v) PEG 3350, 100mM succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→50 Å / Num. obs: 148845 / % possible obs: 97.4 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.096→44.338 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 7442 5 %
Rwork0.2082 --
obs0.2101 148827 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→44.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18693 1127 2 130 19952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62727782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9287305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0253277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033314
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0961-2.120.3392130.2741402884
2.12-2.14490.29452460.2455469197
2.1449-2.1710.28952510.2392475997
2.171-2.19850.29642440.237463597
2.1985-2.22750.30382500.2382475997
2.2275-2.2580.28332450.2368464597
2.258-2.29020.3042510.2426476697
2.2902-2.32440.27622470.2347469598
2.3244-2.36070.31212500.2366475498
2.3607-2.39940.30722480.2351471898
2.3994-2.44080.29042490.2358473398
2.4408-2.48520.28072490.2298472698
2.4852-2.5330.27532480.2272472498
2.533-2.58470.27252510.2314476098
2.5847-2.64090.29112490.2436472598
2.6409-2.70230.29912500.2402476598
2.7023-2.76990.29242510.241476898
2.7699-2.84470.28922500.2509474698
2.8447-2.92840.27512510.2457476498
2.9284-3.02290.28012510.2392476798
3.0229-3.13090.27712490.234474299
3.1309-3.25630.26952530.2248480299
3.2563-3.40440.26422510.2137476999
3.4044-3.58380.22032530.1982479699
3.5838-3.80830.20442520.1882479199
3.8083-4.10210.21722510.1774478499
4.1021-4.51460.21112540.1636481199
4.5146-5.1670.19852520.1638480299
5.167-6.50650.20772530.1881479799
6.5065-44.34750.18682300.188436390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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