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- PDB-3x11: Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N.L82R.R83G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x11
タイトルCrystal structure of HLA-B*57:01.I80N.L82R.R83G
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
  • Ig kappa chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Immunity / Antigen presentation / Immune receptors LILRs / TCRs / KIRs / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / regulation of interleukin-6 production / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / TAP binding / immunoglobulin mediated immune response / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / FCGR activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / detection of bacterium / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / Regulation of Complement cascade / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / FCERI mediated NF-kB activation / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / blood microparticle / adaptive immune response / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2015
タイトル: The interaction of KIR3DL1*001 with HLA class I molecules is dependent upon molecular microarchitecture within the Bw4 epitope
著者: Saunders, P.M. / Vivian, J.P. / Baschuk, N. / Beddoe, T. / Widjaja, J. / O'Connor, G.M. / Hitchen, C. / Pymm, P. / Andrews, D.M. / Gras, S. / McVicar, D.W. / Rossjohn, J. / Brooks, A.G.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ig kappa chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3953
ポリマ－44,3953
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.446, 81.097, 108.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31681.012 Da / 分子数: 1
断片: HLA-B*57:01 extracellular domain, UNP residues 25-300
変異: I80N. L82R. R83G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLA-B*57:01, HLAB / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Ig kappa chain C region


分子量: 966.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 93-101 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human peptide synthetically generated / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9546 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→45.1 Å / Num. obs: 25262 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 31.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.14→2.23 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 34827 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFX

2rfx


解像度: 2.15→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9073 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2309 1287 5.09 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1902 25262 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6601 Å20 Å20 Å2
2--7.7835 Å20 Å2
3----18.4436 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3107 0 0 236 3343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1087SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes468HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3202HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.29
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion400SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3717SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 158 5.64 %
Rwork0.2324 2643 -
all0.234 2801 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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