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万見
- PDB-3wzi: Crystal structure of AfCsx3 in complex with ssRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wzi
タイトルCrystal structure of AfCsx3 in complex with ssRNA
要素
  • Uncharacterized protein AF_1864
  • ssRNA
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Exonuclease / deadenylation activity / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性CRISPR-associated protein Csx3 / CRISPR-associated protein (Cas_csx3) / RNA / Uncharacterized protein AF_1864
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Yan, X.
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of CRISPR-associated Csx3 reveal a manganese-dependent deadenylation exoribonuclease.
著者: Yan, X. / Guo, W. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein AF_1864
B: Uncharacterized protein AF_1864
C: ssRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1403
ポリマ－26,1403
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.168, 80.294, 181.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

21B-203-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 104 / Label seq-ID: 5 - 110

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein AF_1864


分子量: 12437.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1864 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28415
#2: RNA鎖 ssRNA


分子量: 1264.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssRNA synthetic
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Magnesium chloride, Hepes, Lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 11400 / Num. obs: 11284 / % possible obs: 98.94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / % possible all: 89.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 22.958 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23521 567 4.8 %RANDOM
Rwork0.20693 ---
all0.20831 11400 --
obs0.20831 11284 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.44 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3----16.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 84 0 10 1790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9122499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.40534106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.195210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.51722.70374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41215308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5161512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5988 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.895→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 45 -
Rwork0.367 749 -
obs--89.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98020.8149-0.7840.96160.27173.64530.0692-0.01010.01970.0382-0.06420.0003-0.1106-0.2208-0.0050.02280.05390.03480.2052-0.01230.3468-13.457411.5231-13.6715
20.75090.79250.33690.84440.4424.05510.06320.11040.11490.08170.12350.07130.47760.1577-0.18660.06790.0668-0.01070.22-0.03360.3561-4.97843.7427-31.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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