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- PDB-3wz4: Structure of the periplasmic domain of DotI (crystal form I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wz4
タイトルStructure of the periplasmic domain of DotI (crystal form I)
要素DotI
キーワードUNKNOWN FUNCTION / type IVB secretion
機能・相同性Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / membrane / DotI
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kuroda, T. / Kubori, T. / Uchida, Y. / Nagai, H. / Imada, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Molecular and structural analysis of Legionella DotI gives insights into an inner membrane complex essential for type IV secretion
著者: Kuroda, T. / Kubori, T. / Thanh Bui, X. / Hyakutake, A. / Uchida, Y. / Imada, K. / Nagai, H.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DotI
B: DotI
C: DotI
D: DotI
E: DotI
F: DotI
G: DotI
H: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,58340
ポリマ－125,8028
非ポリマー3,78232
水22,6271256
1
A: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: DotI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1985
ポリマ－15,7251
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.590, 207.577, 58.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質
DotI / IcmL protein


分子量: 15725.213 Da / 分子数: 8 / 断片: periplasmic domain, UNP residues 73-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: dotI, icmL / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O54626
#2: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1M CAPS pH10.5, 40% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 35 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→54 Å / Num. all: 88995 / Num. obs: 88995 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 12299 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SPring-8BBSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.425 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 2000 2.25 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1918 88906 98.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.607 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5948 Å2-0 Å20 Å2
2---3.0756 Å2-0 Å2
3---2.4808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8514 0 256 1256 10026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63512240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3233174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2550.26841330.2105578893
2.255-2.3160.2691370.2169595195
2.316-2.38410.30591380.2129600696
2.3841-2.46110.27221390.2108606097
2.4611-2.5490.23821420.202613198
2.549-2.6510.25371410.2025617798
2.651-2.77160.26031430.2039620999
2.7716-2.91770.26581440.2049624299
2.9177-3.10040.25731440.19436252100
3.1004-3.33970.22541450.18226288100
3.3397-3.67550.20131460.17346331100
3.6755-4.20680.19631460.15986363100
4.2068-5.29770.19181480.15896450100
5.2977-37.43070.24241540.22336658100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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