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- PDB-3wyq: Crystal structure of the low-immunogenic core streptavidin mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wyq
タイトルCrystal structure of the low-immunogenic core streptavidin mutant LISA-314 (Y22S/Y83S/R84K/E101D/R103K/E116N) at 1.0 A resolution
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Kawato, T. / Mizohata, E. / Meshizuka, T. / Doi, H. / Kawamura, T. / Matsumura, H. / Yumura, K. / Tsumoto, K. / Kodama, T. / Inoue, T. / Sugiyama, A.
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of streptavidin mutant with low immunogenicity.
著者: Kawato, T. / Mizohata, E. / Meshizuka, T. / Doi, H. / Kawamura, T. / Matsumura, H. / Yumura, K. / Tsumoto, K. / Kodama, T. / Inoue, T. / Sugiyama, A.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,59415
ポリマ－26,0882
非ポリマー1,50613
水4,576254
1
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,18830
ポリマ－52,1764
非ポリマー3,01126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area16720 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.223, 67.066, 56.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1162-

HOH

21B-1120-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13044.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-163 / 変異: Y22S/Y83S/R84K/E101D/R103K/E116N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pPAL7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 24% polyethylene glycol 4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.82 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. all: 112436 / Num. obs: 107216 / % possible obs: 95.4 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→27.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.755 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16308 5363 5 %RANDOM
Rwork0.13654 ---
obs0.13787 101796 95.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1770 0 97 254 2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0211950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4261.9372655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5715254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.7424.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69515261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.278154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4070.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5871.51205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.55221919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2653745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6954.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.87931950
LS精密化 シェル解像度: 1.001→1.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 392 -
Rwork0.269 6979 -
obs--89.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3296-0.0577-0.09220.3769-0.06420.32320.00750.01690.0215-0.0050.0021-0.005-0.0270.0028-0.00960.0156-0.0021-0.00360.008-0.00070.009826.26967.197713.2888
20.4463-0.0845-0.18330.3941-0.07440.2439-0.03250.0208-0.0473-0.01590.00370.0060.0384-0.0140.02880.0264-0.0045-0.00830.0272-0.00530.014720.3753-7.440811.374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1A1001
3X-RAY DIFFRACTION2B14 - 133
4X-RAY DIFFRACTION2B1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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