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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wyn | ||||||
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タイトル | Structure of calcium bound cutinase Est119 from Thermobifida alba. | ||||||
![]() | Esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / esterase / polyethylene terephthalate | ||||||
機能・相同性 | ![]() poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Kawai, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of calcium bound cutinase Est119 from Thermobifida alba. 著者: Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Kawai, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3visS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33215.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2PE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 25% (w/v) PEG 3000, 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium potassium phosphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 51435 / Num. obs: 48769 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 5004 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3VIS 解像度: 1.68→31.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.327 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.837 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→31.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.681→1.725 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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