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万見
- PDB-3wyn: Structure of calcium bound cutinase Est119 from Thermobifida alba. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wyn
タイトルStructure of calcium bound cutinase Est119 from Thermobifida alba.
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / esterase / polyethylene terephthalate
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / PET hydrolase-like / Serine aminopeptidase, S33 / : / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermobifida alba (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Kawai, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of calcium bound cutinase Est119 from Thermobifida alba.
著者: Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Kawai, F.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9656
ポリマ－66,4302
非ポリマー5354
水7,656425
1
A: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2552
ポリマ－33,2151
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7104
ポリマ－33,2151
非ポリマー4953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.473, 87.740, 72.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 33215.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida alba (バクテリア) / 株: AHK119 / 遺伝子: est2 / プラスミド: pQE80L-est119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7IX06
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 25% (w/v) PEG 3000, 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium potassium phosphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 51435 / Num. obs: 48769 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 5004 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VIS

3vis


解像度: 1.68→31.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.327 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 2609 5.1 %RANDOM
Rwork0.19588 ---
all0.19797 51435 --
obs0.19797 48769 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.82 Å20 Å2-2.36 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→31.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4012 0 27 425 4464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0194138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4161.9585629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2665518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70222.787183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08215624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1851536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213202
LS精密化 シェル解像度: 1.681→1.725 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 155 -
Rwork0.375 3080 -
obs--83.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27790.06450.26640.3604-0.03540.2837-0.02330.00490.0009-0.03160.0144-0.0099-0.01010.00520.00890.0315-0.00130.03970.06360.00210.05523.2598-26.584323.7553
20.3214-0.01120.46220.3423-0.14750.8175-0.03040.00380.01020.01390.00980.0028-0.04510.04020.02060.0217-0.00430.02450.0428-0.00240.035421.9594-0.3963.0262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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