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- PDB-3wwx: Crystal structure of D-stereospecific amidohydrolase from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wwx
タイトルCrystal structure of D-stereospecific amidohydrolase from Streptomyces sp. 82F2
要素S12 family peptidase
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANE 1,8-DIAMINE / S12 family peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. 82F2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Arima, J. / Nagano, S. / Hino, T. / Shimone, K. / Isoda, Y. / Mori, N.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of D-stereospecific amidohydrolase from Streptomyces sp. 82F2 - insight into the structural factors for substrate specificity.
著者: Arima, J. / Shimone, K. / Miyatani, K. / Tsunehara, Y. / Isoda, Y. / Hino, T. / Nagano, S.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S12 family peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5852
ポリマ－37,4411
非ポリマー1441
水7,800433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.290, 74.681, 76.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 S12 family peptidase


分子量: 37440.941 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-382 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. 82F2 (バクテリア)
遺伝子: s12ap / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: E2RVJ1
#2: 化合物 ChemComp-DIA / OCTANE 1,8-DIAMINE / 1,8-DIAMINOOCTANE / OCTAMETHYLENEDIAMINE / 1,8-OCTANEDIAMINE / 1,8-オクタンジアミン


分子量: 144.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % / Mosaicity: 0.404 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M Citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Saturn A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月17日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 56122 / Num. obs: 54112 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 14.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 2.189 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.49-1.522.70.24420060.9273.5
1.52-1.5430.2222061.01780.1
1.54-1.573.30.19923831.18785.9
1.57-1.613.60.17425611.21491.9
1.61-1.644.10.17127091.26397.8
1.64-1.684.80.15427421.36299.6
1.68-1.7260.14527761.585100
1.72-1.776.90.14127671.84399.9
1.77-1.8270.12228061.93100
1.82-1.8870.10827892.119100
1.88-1.9470.09627712.195100
1.94-2.0270.08428072.437100
2.02-2.116.90.07527912.6100
2.11-2.236.90.06828012.755100
2.23-2.376.90.06528222.795100
2.37-2.556.90.05928182.782100
2.55-2.86.90.05628252.815100
2.8-3.216.80.04828502.653100
3.21-4.046.70.0428832.526100
4.04-506.10.03229991.73698.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: EP_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CEF

1cef


解像度: 1.49→29.511 Å / FOM work R set: 0.911 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1616 2728 5.05 %RANDOM
Rwork0.1408 ---
all0.149 56149 --
obs0.1419 54049 96.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.48 Å2 / Biso mean: 17.4 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→29.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2549 0 10 433 2992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3153550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.025945
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4895-1.51660.23661010.17561937203871
1.5166-1.54570.19561130.16132223233680
1.5457-1.57730.16371240.14852411253587
1.5773-1.61160.16151350.14362576271193
1.6116-1.64910.17991590.14182720287998
1.6491-1.69030.16631360.141827712907100
1.6903-1.7360.16871380.138327952933100
1.736-1.78710.16511250.136627982923100
1.7871-1.84480.15171280.133327972925100
1.8448-1.91070.17221780.13328022980100
1.9107-1.98720.17011560.13627612917100
1.9872-2.07760.14721680.132227712939100
2.0776-2.18710.15951450.125628092954100
2.1871-2.32410.13851290.126128232952100
2.3241-2.50340.13931500.129628222972100
2.5034-2.75520.15041660.133428042970100
2.7552-3.15350.16311510.142128583009100
3.1535-3.97150.15791520.138828813033100
3.9715-29.51710.17721740.16642962313699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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