+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wwk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin fold / Carbohydrate binding / Podoplanin / Rhodocytin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cytokine activity / platelet formation / GPVI-mediated activation cascade / Heme signaling / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / toxin activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway ...regulation of cytokine activity / platelet formation / GPVI-mediated activation cascade / Heme signaling / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / toxin activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / cell surface / signal transduction / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Nagae, M. / Morita-Matsumoto, K. / Kato, M. / Kato-Kaneko, M. / Kato, Y. / Yamaguchi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: A Platform of C-type Lectin-like Receptor CLEC-2 for Binding O-Glycosylated Podoplanin and Nonglycosylated Rhodocytin 著者: Nagae, M. / Morita-Matsumoto, K. / Kato, M. / Kato-Kaneko, M. / Kato, Y. / Yamaguchi, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wwk.cif.gz | 307.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3wwk.ent.gz | 251.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wwk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wwk_validation.pdf.gz | 536.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3wwk_full_validation.pdf.gz | 613.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wwk_validation.xml.gz | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wwk_validation.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15157.050 Da / 分子数: 4 / 断片: CLEC-2, UNP residues 96-221 / 変異: C96S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC1B, CLEC2, UNQ721/PRO1384 / プラスミド: pCold / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9P126 #2: タンパク質 | 分子量: 15812.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I841 #3: タンパク質 | 分子量: 16790.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I840 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1M Hepes (pH 7.6), 0.2M L-proline, 10% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.98→100 Å / Num. all: 41633 / Num. obs: 41508 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 16.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.983→3.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2103 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2C6U and 2VRP 解像度: 2.98→37.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.79 / SU B: 32.825 / SU ML: 0.593 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.923 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.98→37.56 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|