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- PDB-3wwk: Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wwk
タイトルCrystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin
要素
  • C-type lectin domain family 1 member B
  • Snaclec rhodocytin subunit alpha
  • Snaclec rhodocytin subunit beta
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin fold / Carbohydrate binding / Podoplanin / Rhodocytin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokine activity / platelet formation / GPVI-mediated activation cascade / Heme signaling / defense response / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / cell surface ...regulation of cytokine activity / platelet formation / GPVI-mediated activation cascade / Heme signaling / defense response / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / cell surface / signal transduction / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec rhodocytin subunit beta / Snaclec rhodocytin subunit alpha / C-type lectin domain family 1 member B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Nagae, M. / Morita-Matsumoto, K. / Kato, M. / Kato-Kaneko, M. / Kato, Y. / Yamaguchi, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: A Platform of C-type Lectin-like Receptor CLEC-2 for Binding O-Glycosylated Podoplanin and Nonglycosylated Rhodocytin
著者: Nagae, M. / Morita-Matsumoto, K. / Kato, M. / Kato-Kaneko, M. / Kato, Y. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2014年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: C-type lectin domain family 1 member B
A: Snaclec rhodocytin subunit alpha
B: Snaclec rhodocytin subunit beta
D: Snaclec rhodocytin subunit alpha
E: Snaclec rhodocytin subunit beta
I: C-type lectin domain family 1 member B
G: Snaclec rhodocytin subunit alpha
H: Snaclec rhodocytin subunit beta
J: Snaclec rhodocytin subunit alpha
K: Snaclec rhodocytin subunit beta
L: C-type lectin domain family 1 member B
F: C-type lectin domain family 1 member B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,03812
ポリマ－191,03812
非ポリマー00
水00
1
C: C-type lectin domain family 1 member B
A: Snaclec rhodocytin subunit alpha
B: Snaclec rhodocytin subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7603
ポリマ－47,7603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Snaclec rhodocytin subunit alpha
E: Snaclec rhodocytin subunit beta
F: C-type lectin domain family 1 member B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7603
ポリマ－47,7603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: C-type lectin domain family 1 member B
G: Snaclec rhodocytin subunit alpha
H: Snaclec rhodocytin subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7603
ポリマ－47,7603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Snaclec rhodocytin subunit alpha
K: Snaclec rhodocytin subunit beta
L: C-type lectin domain family 1 member B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7603
ポリマ－47,7603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.851, 117.072, 152.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
C-type lectin domain family 1 member B / CLEC-2 lectin / C-type lectin-like receptor 2 / CLEC-2


分子量: 15157.050 Da / 分子数: 4 / 断片: CLEC-2, UNP residues 96-221 / 変異: C96S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC1B, CLEC2, UNQ721/PRO1384 / プラスミド: pCold / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9P126
#2: タンパク質
Snaclec rhodocytin subunit alpha / Rhodocytin alpha subunit / Aggretin alpha chain / Rhodoaggretin subunit alpha


分子量: 15812.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I841
#3: タンパク質
Snaclec rhodocytin subunit beta / Rhodocytin beta subunit / Aggretin beta chain / Rhodoaggretin subunit beta


分子量: 16790.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I840
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1M Hepes (pH 7.6), 0.2M L-proline, 10% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.649
11-H, -K, H+L20.351
反射解像度: 2.98→100 Å / Num. all: 41633 / Num. obs: 41508 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.983→3.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2103 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C6U and 2VRP

2c6u

2vrp


解像度: 2.98→37.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.79 / SU B: 32.825 / SU ML: 0.593 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32492 2089 5 %RANDOM
Rwork0.28192 ---
obs0.28407 39290 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.22 Å20 Å2-0.7 Å2
2--21.86 Å20 Å2
3----41.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→37.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12453 0 0 0 12453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.90217405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.52751489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36124.375704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.214152140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8191560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4176.0696007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7859.1017479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2146.16857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.00460.25257143
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.983→3.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 120 -
Rwork0.404 2246 -
obs--76.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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