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- PDB-3wvz: Crystal structure of Hikeshi, a new nuclear transport receptor of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvz
タイトルCrystal structure of Hikeshi, a new nuclear transport receptor of Hsp70
要素Protein Hikeshi
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear transport receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear import signal receptor activity / Golgi organization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Hsp70 protein binding / lung development / protein import into nucleus / protein transport / cellular response to heat / nuclear body / nuclear speck ...nuclear import signal receptor activity / Golgi organization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Hsp70 protein binding / lung development / protein import into nucleus / protein transport / cellular response to heat / nuclear body / nuclear speck / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hikeshi-like domain / OPI10 family / : / Hikeshi-like, N-terminal domain / Hikeshi-like, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Song, J. / Kose, S. / Watanabe, A. / Son, S.Y. / Choi, S. / Hong, R.H. / Yamashita, E. / Park, I.Y. / Imamoto, N. / Lee, S.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of Hikeshi, a new nuclear transport receptor of Hsp70s
著者: Song, J. / Kose, S. / Watanabe, A. / Son, S.Y. / Choi, S. / Hong, H. / Yamashita, E. / Park, I.Y. / Imamoto, N. / Lee, S.J.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Hikeshi
B: Protein Hikeshi


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9382
ポリマ－43,9382
非ポリマー00
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.138, 137.839, 97.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21B-209-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein Hikeshi


分子量: 21968.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C11orf73, HSPC138, HSPC179, HSPC248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53FT3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.4), 1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9192 Å
検出器検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2013年11月8日 / 詳細: 0.9192
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→100 Å / Num. all: 32074 / Num. obs: 19445
反射 シェル解像度: 1.88→100 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→39.909 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1697 5.03 %
Rwork0.2071 --
obs0.2082 19445 99.17 %
all-32079 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 0 226 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8654003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5831036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.88-1.93530.30351380.26152665100
1.9353-1.99780.27691560.24092629100
1.9978-2.06920.2731480.23562636100
2.0692-2.1520.25671420.23082673100
2.152-2.250.26191420.22442664100
2.25-2.36860.26891370.22612683100
2.3686-2.5170.26031250.22762706100
2.517-2.71120.26661450.22892666100
2.7112-2.9840.24951450.21782693100
2.984-3.41560.21821240.20122745100
3.4156-4.30250.1791470.17732713100
4.3025-39.91780.21451480.1962260192
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6688 Å / Origin y: 25.8113 Å / Origin z: 95.1139 Å
111213212223313233
T0.1608 Å20.0139 Å2-0.0054 Å2-0.1652 Å2-0.0003 Å2--0.1494 Å2
L0.062 °20.0064 °20.032 °2-0.2963 °2-0.1579 °2--0.0514 °2
S-0.0073 Å °-0.0532 Å °0.0213 Å °-0.0452 Å °0.0233 Å °0.0075 Å °0.0001 Å °-0.0267 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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