PDB-3wvq: Structure of ATP grasp protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wvq

タイトル

Structure of ATP grasp protein

要素

PGM1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP grasp domain / LIGASE

機能・相同性

Pre ATP-grasp domain / PGM1 C-terminal domain / PGM1 C-terminal domain / Pre ATP-grasp domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ATP binding / metal ion binding / PGM1

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cirratus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.955 Å

データ登録者

Matsui, T. / Noike, M. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Dairi, T. / Morita, H.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: A peptide ligase and the ribosome cooperate to synthesize the peptide pheganomycin.
著者: Noike, M. / Matsui, T. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Ohtaki, S. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Morita, H. / Dairi, T.

履歴

登録	2014年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wvq.cif.gz	355.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wvq.ent.gz	289.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wvrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wvr-2 1mmd-d 3d0h-2 4c2y-d 3iu1-d 1d1c-d 2gqq-d 6i7d-3 5o9u-d 6sk8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PGM1

B: PGM1

C: PGM1

D: PGM1

ヘテロ分子

196 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PGM1

B: PGM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
98 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PGM1

D: PGM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: PGM1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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4

B: PGM1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
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5

C: PGM1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
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6

D: PGM1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.660, 86.750, 94.260
Angle α, β, γ (deg.)	73.740, 85.930, 68.260
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PGM1 分子量: 48616.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cirratus (バクテリア) 株: MD227-A9 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0A6YVN3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 1.175M Lithium Sulfate, 10mM L-Met, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97939 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 154262 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 20.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 9.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2.07	0.794	0.619	2.31	183752	51370	47097	0.717	91.7
2.07-2.22	0.891	0.417	3.44	186373	48298	46815	0.482	96.9
2.22-2.39	0.938	0.297	4.72	173118	44694	43491	0.343	97.3
2.39-2.62	0.964	0.217	6.34	160716	41394	40396	0.251	97.6
2.62-2.93	0.983	0.146	8.96	145111	37310	36526	0.169	97.9
2.93-3.38	0.993	0.088	14.43	128180	33016	32416	0.102	98.2
3.38-4.13	0.996	0.054	22.21	107560	27844	27413	0.063	98.5
4.13-5.82	0.997	0.044	26.65	83066	21558	21243	0.051	98.5
5.82-50	0.998	0.038	29.96	45487	12022	11758	0.045	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.955→45.177 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2312	7713	5 %	random
R_work	0.1943	-	-	-
obs	0.1961	154238	97.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 269.01 Å² / B_iso mean: 22.2453 Å² / B_iso min: 5.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.955→45.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13068	0	87	1299	14454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	18273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.596	4804

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.955-1.9772	0.3282	201	0.2749	3811	4012	75
1.9772-2.0005	0.2941	255	0.2514	4834	5089	97
2.0005-2.0249	0.3197	256	0.2357	4865	5121	97
2.0249-2.0505	0.2832	256	0.2291	4876	5132	97
2.0505-2.0775	0.2598	255	0.2302	4841	5096	97
2.0775-2.1059	0.2864	259	0.2282	4916	5175	97
2.1059-2.136	0.2515	256	0.2203	4858	5114	97
2.136-2.1679	0.2781	256	0.2167	4879	5135	97
2.1679-2.2018	0.2748	257	0.212	4868	5125	97
2.2018-2.2379	0.2745	259	0.207	4921	5180	97
2.2379-2.2765	0.2177	258	0.1928	4901	5159	97
2.2765-2.3178	0.2415	256	0.196	4872	5128	98
2.3178-2.3624	0.2464	260	0.1983	4943	5203	98
2.3624-2.4106	0.2462	259	0.2006	4921	5180	98
2.4106-2.4631	0.247	258	0.2009	4890	5148	98
2.4631-2.5203	0.2498	258	0.2023	4916	5174	98
2.5203-2.5834	0.2404	260	0.2073	4927	5187	98
2.5834-2.6532	0.2569	258	0.2063	4911	5169	98
2.6532-2.7313	0.2644	261	0.2112	4962	5223	98
2.7313-2.8194	0.2247	258	0.2157	4885	5143	98
2.8194-2.9202	0.2654	261	0.2095	4966	5227	98
2.9202-3.0371	0.2714	261	0.2101	4951	5212	99
3.0371-3.1753	0.2441	260	0.2068	4956	5216	99
3.1753-3.3426	0.2448	262	0.1955	4962	5224	99
3.3426-3.552	0.2146	261	0.1802	4962	5223	99
3.552-3.8261	0.1982	261	0.1635	4972	5233	99
3.8261-4.2109	0.1671	263	0.1607	4987	5250	99
4.2109-4.8196	0.1769	263	0.1562	4989	5252	99
4.8196-6.0698	0.2078	262	0.1768	4987	5249	99
6.0698-45.189	0.1908	263	0.1806	4996	5259	99

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