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- PDB-3wvo: Crystal structure of Thermobifida fusca Cse1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvo
タイトルCrystal structure of Thermobifida fusca Cse1
要素CRISPR-associated protein, Cse1 family
キーワードCELL INVASION / CRISPR / Cascade / CasA
機能・相同性Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #100 / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein, Cse1 family
機能・相同性情報
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Tay, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Thermobifida fusca Cse1 reveals target DNA binding site.
著者: Tay, M. / Liu, S. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, Cse1 family
B: CRISPR-associated protein, Cse1 family
C: CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,4853
ポリマ－185,4853
非ポリマー00
水50428
1
A: CRISPR-associated protein, Cse1 family
B: CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6572
ポリマ－123,6572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area45070 Å2
手法PISA
2
C: CRISPR-associated protein, Cse1 family

C: CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6572
ポリマ－123,6572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.304, 132.529, 102.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA1 - 5454 - 548
21ALAALABB1 - 5454 - 548
12THRTHRAA1 - 5464 - 549
22THRTHRCC1 - 5464 - 549
13THRTHRBB1 - 5464 - 549
23THRTHRCC1 - 5464 - 549

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量: 61828.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_1600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PI4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG8000, Cacodylate, potassium chloride, magnesium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 39600 / Num. obs: 35245 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H3T

4h3t


解像度: 3.31→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 40.337 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20974 1873 5 %RANDOM
Rwork0.15627 ---
all0.162 ---
obs0.15895 35245 89.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å20 Å2-1.73 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12756 0 0 28 12784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01913068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7971.95417793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.44151619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86223.25637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.662152064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.60715125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110202
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A6540.08
12B6540.08
21A6610.09
22C6610.09
31B6540.09
32C6540.09
LS精密化 シェル解像度: 3.31→3.396 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 57 -
Rwork0.229 1275 -
obs--43.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40661.3124-0.01452.24530.58811.79410.04120.06050.0858-0.23250.11-0.3593-0.24210.1482-0.15120.07540.00670.1020.135-0.01210.196246.510427.084150.4153
20.9580.47620.33874.147-0.55422.81810.3693-0.2294-0.17260.605-0.1172-0.11550.2072-0.248-0.25210.2463-0.2133-0.08310.33250.10430.206145.730434.087288.6593
33.11341.23130.37641.49080.33212.67290.07430.0924-0.16410.0790.09450.0230.37140.1568-0.16880.07950.0657-0.03080.0787-0.0220.0297-0.6995-0.693219.2732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 547
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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