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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wuh | ||||||
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タイトル | Qri7 and AMP complex | ||||||
![]() | tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / t6A synthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tominaga, T. / Kobayashi, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial Qri7 in complex with AMP 著者: Tominaga, T. / Kobayashi, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4k25S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42585.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: bearing the Turbo3C protease recognition site 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: QRI7, YDL104C, D2366 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P43122, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 400, 3% w/v dextran sulfate sodium salt (Mr 5000), 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.937→50.1 Å / Num. all: 22014 / Num. obs: 22014 / Biso Wilson estimate: 89.19 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4K25 解像度: 2.937→50.01 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.937→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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