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万見
- PDB-3wuh: Qri7 and AMP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wuh
タイトルQri7 and AMP complex
要素tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / t6A synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.937 Å
データ登録者Tominaga, T. / Kobayashi, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial Qri7 in complex with AMP
著者: Tominaga, T. / Kobayashi, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9976
ポリマ－85,1722
非ポリマー8254
水362
1
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9993
ポリマ－42,5861
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9993
ポリマ－42,5861
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9976
ポリマ－85,1722
非ポリマー8254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation21_546z+1/4,y-1/4,-x+7/41
Buried area3510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.315, 180.315, 180.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7 / tRNA threonylcarbamoyladenosine ...t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7 / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7


分子量: 42585.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: bearing the Turbo3C protease recognition site
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: QRI7, YDL104C, D2366 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P43122, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 400, 3% w/v dextran sulfate sodium salt (Mr 5000), 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.937→50.1 Å / Num. all: 22014 / Num. obs: 22014 / Biso Wilson estimate: 89.19 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K25

4k25


解像度: 2.937→50.01 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 1121 5.14 %
Rwork0.2229 --
obs0.2255 21792 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.937→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5229 0 48 2 5279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6677300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7811918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9371-3.07080.34531300.28542555100
3.0708-3.23260.31121530.26012513100
3.2326-3.43510.27121420.2453252899
3.4351-3.70030.33541340.2305254799
3.7003-4.07250.26591310.2243254999
4.0725-4.66140.23551550.1904254199
4.6614-5.87140.25751580.2108260899
5.8714-50.01760.28141180.2283283099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6212-1.4046-0.97176.62660.3611.92460.08830.19210.3098-0.5211-0.0732-0.0921-0.25540.2312-0.00490.4483-0.0381-0.02740.5327-0.04720.6154193.693738.9528168.1962
26.75073.5788-5.92524.6687-1.69667.5043-0.4094-0.36580.4079-0.92140.45710.14550.73871.2472-0.09820.64320.04190.01730.8770.17351.0028189.808455.0921148.5246
31.10710.2419-4.96742.2823-4.10498.47040.4956-0.03350.778-0.0979-0.00180.4548-0.76150.1184-0.37290.6089-0.0418-0.02140.73640.07070.9911188.069861.0284147.6137
43.7732-0.96541.70088.473-1.38653.217-0.14770.30060.0756-0.14020.1859-0.0326-0.15240.4536-0.04150.496-0.0246-0.07050.631-0.10520.6169184.168143.3942168.0204
51.7667-1.11371.04998.3263-0.90823.65220.05110.08-0.0682-0.40930.10350.02670.1652-0.2914-0.15910.482-0.01-0.05330.54040.03860.4641147.06155.3873148.7657
65-0.5365-3.63910.86510.54552.62780.35471.4360.1991-0.65430.10570.0787-0.4789-1.2638-0.27720.93750.0689-0.31581.04870.23980.9296162.714940.3819137.2308
74.0506-0.4905-3.27763.99740.35074.6393-0.1660.749-0.2725-0.39320.1802-0.67710.8062-0.4327-0.08830.7689-0.0665-0.03250.8746-0.02341.0287167.60734.2211138.4325
83.56520.7192-0.03756.64771.84482.30530.164-0.4553-0.29270.2582-0.1386-0.6428-0.19460.1093-0.0260.4360.0013-0.08680.64770.15730.6431153.29253.7023155.8835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 31:171)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 172:254)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 255:338)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 339:406)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 31:171)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 172:234)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 235:352)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 353:406)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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