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- PDB-3wsu: Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wsu
タイトルCrystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus
要素Beta-mannanase
キーワードHYDROLASE / Mannanase / glycoside hydrolase family 5 / actinomycete
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide binding / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces thermolilacinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Hatanaka, T. / Yao, M. / Kimura, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The loop structure of Actinomycete glycoside hydrolase family 5 mannanases governs substrate recognition
著者: Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Tagami, T. / Uraji, M. / Wan, K. / Okuyama, M. / Yao, M. / Kimura, A. / Hatanaka, T.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Other
改定 1.32015年10月28日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannanase
B: Beta-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,43512
ポリマ－74,7912
非ポリマー64510
水14,376798
1
A: Beta-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6265
ポリマ－37,3951
非ポリマー2304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8107
ポリマ－37,3951
非ポリマー4146
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.864, 100.846, 105.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-mannanase


分子量: 37395.438 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-349 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces thermolilacinus (バクテリア)
株: NBRC 14274 / 遺伝子: beta-mannanase / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: F5HR99
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M sodium malonate, 0.1M HEPES, 0.5%(v/v) Jeffamine(R) ED-2001, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.846 Å / Num. obs: 90737 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.06 % / Biso Wilson estimate: 7.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6-1.70.6220.8122.257244914889147920.91399.3
1.7-1.810.7070.6193.096895513959138750.69799.4
1.81-1.960.8450.4144.726473213071129460.46599
1.96-2.150.9250.2657.335991212056118690.29898.4
2.15-2.40.9570.18810.035446810937106670.21197.5
2.4-2.770.9770.14112.8848361970993770.15896.6
2.77-3.390.9920.08719.4340936824378340.09795
3.39-4.780.9980.04731.431753647260140.05292.9
4.78-500.9990.04232.917570375833630.04689.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1426精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bqc

1bqc


解像度: 1.6→45.473 Å / FOM work R set: 0.891 / SU ML: 0.16 / 位相誤差: 18.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 1810 1.99 %
Rwork0.1601 --
obs0.1608 90733 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.1 Å2 / Biso mean: 12.05 Å2 / Biso min: 3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4571 0 40 798 5409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1886505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4871657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5995-1.64280.29531370.23916837697499
1.6428-1.69110.27271440.227169287072100
1.6911-1.74570.22981390.21386901704099
1.7457-1.80810.25281350.20216883701899
1.8081-1.88050.22771430.18446947709099
1.8805-1.96610.21441490.176851700099
1.9661-2.06980.1921360.15886891702799
2.0698-2.19940.18321400.14756852699298
2.1994-2.36920.19261340.14816835696998
2.3692-2.60760.17521390.14746801694097
2.6076-2.98490.18451430.14696777692096
2.9849-3.76040.14561380.13366707684594
3.7604-45.49170.16311330.13356713684691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6160.0557-0.26390.5939-0.01930.6167-0.02450.0791-0.0616-0.09090.0166-0.01910.047-0.0020.00850.0559-0.0040.00650.0545-0.01370.056445.398265.7576-14.4261
21.66830.02190.7721.9747-0.06481.1740.00030.06460.067-0.02050.0054-0.0064-0.08780.0341-0.00270.0488-0.00150.01930.0518-0.00470.035645.392581.9187-8.7677
31.81110.11510.36981.08880.56260.54970.0795-0.1672-0.02460.0569-0.0386-0.0501-0.01350.059-0.02560.054-0.0057-0.00450.06030.01020.038550.729970.92922.799
42.67680.9018-0.14091.94870.21112.8086-0.00460.0050.14910.0394-0.00950.304-0.0963-0.1713-0.02910.0531-0.00220.00390.05680.00110.071811.525835.0651.2079
52.1931.22960.25861.82870.25630.74740.01910.15510.002-0.07230.0301-0.1122-0.01260.0468-0.03790.03740.00570.00030.05130.00030.057432.206436.7967-5.1867
62.49341.37851.45511.41510.60791.1663-0.09510.14060.011-0.09540.0803-0.0157-0.06940.14940.02090.04710.00110.00110.04590.01070.047431.666548.4807-2.2161
70.68350.02470.13770.8412-0.01080.763-0.0238-0.05940.02110.07950.0131-0.011-0.021-0.00570.01190.04870.0027-0.00420.044-0.00240.05725.015642.558411.2404
83.4766-1.9492-1.90236.59411.07642.5741-0.1443-0.3201-0.19530.30870.0503-0.01580.25220.00970.06480.0986-0.01590.00470.08990.02520.057520.655724.549516.6064
90.5551-0.2583-0.26581.4245-0.18381.27980.0196-0.15870.02630.12020.0193-0.05770.0150.1638-0.00460.0674-0.006-0.00520.0815-0.0060.046432.046527.236411.0744
101.87910.3614-1.14752.0212-0.59291.4758-0.00590.0896-0.0863-0.01630.02880.11060.1226-0.027-0.03310.0645-0.0073-0.00190.05360.00030.058823.53523.04685.7434
111.6194-0.3953-0.16221.0848-0.14540.5748-0.01810.0895-0.1149-0.06120.0143-0.04290.05960.0475-0.00320.0645-0.00150.00110.0489-0.01420.044332.193327.3482-4.191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 251 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 252 through 302 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 303 through 352 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 71 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 72 through 103 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 104 through 126 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 127 through 251 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 252 through 265 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 266 through 285 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 286 through 302 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 303 through 349 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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