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- PDB-5ubj: Structure of an alpha-L-arabinofuranosidase (GH62) from Aspergill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ubj
タイトルStructure of an alpha-L-arabinofuranosidase (GH62) from Aspergillus nidulans
要素Alpha-L-arabinofuranosidase axhA-2
キーワードHYDROLASE / arabinofuranosidase / hemicellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinose metabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / pectin catabolic process / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 62, arabinosidase / Glycosyl hydrolase family 62 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-arabinofuranosidase axhA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Contesini, F.J. / Damasio, A.R. / Squina, F.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/50371-8 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structural and functional characterization of a highly secreted alpha-l-arabinofuranosidase (GH62) from Aspergillus nidulans grown on sugarcane bagasse.
著者: Contesini, F.J. / Liberato, M.V. / Rubio, M.V. / Calzado, F. / Zubieta, M.P. / Riano-Pachon, D.M. / Squina, F.M. / Bracht, F. / Skaf, M.S. / Damasio, A.R.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinofuranosidase axhA-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0616
ポリマ－35,8601
非ポリマー2005
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.562, 57.529, 49.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-L-arabinofuranosidase axhA-2 / Arabinoxylan arabinofuranohydrolase axhA-2


分子量: 35860.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: axhA-2, AN7908 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AUX2, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 32 % 2-Methyl-2,4-pentanediol, 10 % PEG8000, 0.1M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.12 Å / Num. obs: 24535 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 72250 / Scaling rejects: 53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.732.10.635250211770.6820.5340.8341.888.9
9-41.122.90.0365131780.9770.0260.04539.794.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4o8n

4o8n


解像度: 1.7→28.764 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1777 1212 4.95 %
Rwork0.1441 23271 -
obs0.1458 24483 96.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.08 Å2 / Biso mean: 18.6386 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→28.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 5 301 2620
Biso mean--22.11 28.98 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9453315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2311883
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.76810.27851210.24712387250890
1.7681-1.84850.28511390.1982545268496
1.8485-1.9460.23581330.17362564269796
1.946-2.06790.20311280.15442573270196
2.0679-2.22750.19741390.14572606274597
2.2275-2.45150.18541440.14142631277598
2.4515-2.8060.18341200.14452643276398
2.806-3.53430.14551460.12692620276698
3.5343-28.76860.1351420.12162702284498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76050.15060.15491.34440.52410.97760.0089-0.0230.01810.0485-0.02520.06440.0183-0.0650.01740.12040.00540.01510.1444-0.00130.127741.3335-14.125715.6175
21.19990.0789-0.64520.54620.0751.96860.01060.054-0.0495-0.0746-0.04850.03570.0595-0.07890.04350.1313-0.006-0.0040.13970.00120.120541.9002-15.59952.8607
30.8848-0.1120.13391.2685-0.18671.77020.02220.04820.0416-0.0168-0.0199-0.1324-0.01370.1322-0.00140.10620.00250.01070.14680.00540.153159.7927-12.371410.7259
40.68240.05690.17891.03830.63221.33360.0305-0.10920.01780.1653-0.01460.03870.0129-0.0038-0.02220.11610.00750.00650.1339-0.00230.142446.0446-11.342720.3802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 78 )A23 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 145 )A79 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 264 )A146 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 265 through 325 )A265 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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