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Yorodumi- PDB-3wsu: Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wsu | ||||||
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Title | Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus | ||||||
Components | Beta-mannanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Mannanase / glycoside hydrolase family 5 / actinomycete | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces thermolilacinus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Hatanaka, T. / Yao, M. / Kimura, A. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2015 Title: The loop structure of Actinomycete glycoside hydrolase family 5 mannanases governs substrate recognition Authors: Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Tagami, T. / Uraji, M. / Wan, K. / Okuyama, M. / Yao, M. / Kimura, A. / Hatanaka, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wsu.cif.gz | 255.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wsu.ent.gz | 203.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wsu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4y7eC 1bqcS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37395.438 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 36-349 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces thermolilacinus (bacteria) Strain: NBRC 14274 / Gene: beta-mannanase / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) RIL / References: UniProt: F5HR99 #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.1M sodium malonate, 0.1M HEPES, 0.5%(v/v) Jeffamine(R) ED-2001, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→48.846 Å / Num. obs: 90737 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.06 % / Biso Wilson estimate: 7.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 9.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1bqc Resolution: 1.6→45.473 Å / FOM work R set: 0.891 / SU ML: 0.16 / Phase error: 18.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 54.1 Å2 / Biso mean: 12.05 Å2 / Biso min: 3.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→45.473 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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