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- PDB-3wr5: Structural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wr5
タイトルStructural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic formate dehydrogenase
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.142 Å
データ登録者Ha, J.M. / Jeon, S.T. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic formate dehydrogenase
著者: Ha, J.M. / Jeon, S.T. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
履歴
登録2014年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,9247
ポリマ－177,9344
非ポリマー1,9903
水17,511972
1
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2944
ポリマ－88,9672
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10150 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
2
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6303
ポリマ－88,9672
非ポリマー6631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.942, 72.729, 386.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA-3 - 399
211chain BB-2 - 399
311chain CC-4 - 399
411chain DD-1 - 374

-
要素

#1: タンパク質
Formate dehydrogenase


分子量: 44483.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thiobacillus (バクテリア) / 株: KNK65MA / 遺伝子: fdh65MA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76EB7, formate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 24% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 88253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.48 Å2
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NAD

2nad


解像度: 2.142→42.25 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 4407 5.01 %
Rwork0.1723 --
obs0.1742 87926 99.58 %
all-88253 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.8246 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.142→42.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12146 0 132 972 13250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35517152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1454752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082209
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7334X-RAY DIFFRACTION6.112TORSIONAL
12B7334X-RAY DIFFRACTION6.112TORSIONAL
13C7334X-RAY DIFFRACTION6.112TORSIONAL
14D7334X-RAY DIFFRACTION6.112TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1424-2.16670.24021480.20992523267194
2.1667-2.19220.27531590.215327432902100
2.1922-2.21890.25781470.213827502897100
2.2189-2.2470.25321420.210227672909100
2.247-2.27660.2561570.213427342891100
2.2766-2.30780.26011510.210427252876100
2.3078-2.34070.25541320.201928252957100
2.3407-2.37570.24511550.192826852840100
2.3757-2.41280.22711490.182928132962100
2.4128-2.45230.23971380.190527322870100
2.4523-2.49460.20161450.18827532898100
2.4946-2.540.24781650.192827942959100
2.54-2.58880.22661450.19227382883100
2.5888-2.64170.2911210.191227952916100
2.6417-2.69910.23211490.190127892938100
2.6991-2.76190.25461210.189827692890100
2.7619-2.83090.25181520.181227782930100
2.8309-2.90750.21181440.187527982942100
2.9075-2.9930.2311510.18727642915100
2.993-3.08960.25591440.184927932937100
3.0896-3.19990.1971590.172427702929100
3.1999-3.3280.21161520.177928272979100
3.328-3.47940.2141560.16427832939100
3.4794-3.66280.17331620.153227952957100
3.6628-3.89210.18251500.14827992949100
3.8921-4.19240.16271350.140828402975100
4.1924-4.61380.15981360.1332864300099
4.6138-5.28030.15781560.14522827298399
5.2803-6.64850.20581260.17862930305699
6.6485-42.25840.17191600.15463016317698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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