PDB-3wr5: Structural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic fo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wr5

タイトル

Structural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic formate dehydrogenase

要素

Formate dehydrogenase

ギ酸デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Rossmann Fold (ロスマンフォールド)

機能・相同性

機能・相同性情報

formate dehydrogenase complex / formate catabolic process /

ギ酸デヒドロゲナーゼ / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thiobacillus (チオバシラス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.142 Å

データ登録者

Ha, J.M. / Jeon, S.T. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis on the efficient CO2 reduction of acidophilic formate dehydrogenase
著者: Ha, J.M. / Jeon, S.T. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.

履歴

登録	2014年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wr5.cif.gz	331.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wr5.ent.gz	268.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/3wr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/3wr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nadS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xye-d 6t9x-1 6t9x-2 6juj-d 4xyb-d 5jtr-d 3fn4-1 6t9w-2 2gsd-1 4pgh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

C: Formate dehydrogenase

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Formate dehydrogenase

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.942, 72.729, 386.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	-3 - 399
2	1	1	chain B	B	-2 - 399
3	1	1	chain C	C	-4 - 399
4	1	1	chain D	D	-1 - 374

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / ギ酸デヒドロゲナーゼ分子量: 44483.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thiobacillus (チオバシラス属) / 株: KNK65MA / 遺伝子: fdh65MA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76EB7, ギ酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 24% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 88253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 22.48 Å²
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NAD

2nad

解像度: 2.142→42.25 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2085	4407	5.01 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1742	87926	99.58 %
all	-	88253	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.8246 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.142→42.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12146	0	132	972	13250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.355	17152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.145	4752
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1883
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2209

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7334	X-RAY DIFFRACTION	6.112	TORSIONAL
1	2	B	7334	X-RAY DIFFRACTION	6.112	TORSIONAL
1	3	C	7334	X-RAY DIFFRACTION	6.112	TORSIONAL
1	4	D	7334	X-RAY DIFFRACTION	6.112	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1424-2.1667	0.2402	148	0.2099	2523	2671	94
2.1667-2.1922	0.2753	159	0.2153	2743	2902	100
2.1922-2.2189	0.2578	147	0.2138	2750	2897	100
2.2189-2.247	0.2532	142	0.2102	2767	2909	100
2.247-2.2766	0.256	157	0.2134	2734	2891	100
2.2766-2.3078	0.2601	151	0.2104	2725	2876	100
2.3078-2.3407	0.2554	132	0.2019	2825	2957	100
2.3407-2.3757	0.2451	155	0.1928	2685	2840	100
2.3757-2.4128	0.2271	149	0.1829	2813	2962	100
2.4128-2.4523	0.2397	138	0.1905	2732	2870	100
2.4523-2.4946	0.2016	145	0.188	2753	2898	100
2.4946-2.54	0.2478	165	0.1928	2794	2959	100
2.54-2.5888	0.2266	145	0.192	2738	2883	100
2.5888-2.6417	0.291	121	0.1912	2795	2916	100
2.6417-2.6991	0.2321	149	0.1901	2789	2938	100
2.6991-2.7619	0.2546	121	0.1898	2769	2890	100
2.7619-2.8309	0.2518	152	0.1812	2778	2930	100
2.8309-2.9075	0.2118	144	0.1875	2798	2942	100
2.9075-2.993	0.231	151	0.187	2764	2915	100
2.993-3.0896	0.2559	144	0.1849	2793	2937	100
3.0896-3.1999	0.197	159	0.1724	2770	2929	100
3.1999-3.328	0.2116	152	0.1779	2827	2979	100
3.328-3.4794	0.214	156	0.164	2783	2939	100
3.4794-3.6628	0.1733	162	0.1532	2795	2957	100
3.6628-3.8921	0.1825	150	0.148	2799	2949	100
3.8921-4.1924	0.1627	135	0.1408	2840	2975	100
4.1924-4.6138	0.1598	136	0.133	2864	3000	99
4.6138-5.2803	0.1578	156	0.1452	2827	2983	99
5.2803-6.6485	0.2058	126	0.1786	2930	3056	99
6.6485-42.2584	0.1719	160	0.1546	3016	3176	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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