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- PDB-3wr1: Crystal structure of Cormorant (Phalacrocorax carbo) hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wr1
タイトルCrystal structure of Cormorant (Phalacrocorax carbo) hemoglobin
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-A
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEMOGLOBIN / HEME / Oxygen transport / IRON / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-A / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Phalacrocorax carbo (ウミウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jagadeesan, G. / Vinodh Kumar, V. / Peters, H.G. / Malathy, P. / Harikrishna Etti, S. / Gunasekaran, K. / Aravindhan, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cormorant (Phalacrocorax carbo) hemoglobin
著者: Jagadeesan, G. / Vinodh Kumar, V. / Peters, H.G. / Malathy, P. / Harikrishna Etti, S. / Gunasekaran, K. / Aravindhan, S.
履歴
登録2014年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Other
改定 1.22014年7月2日Group: Other
改定 1.32021年9月15日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6644
ポリマ－31,4312
非ポリマー1,2332
水181
1
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3298
ポリマ－62,8634
非ポリマー2,4664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area8970 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.640, 55.640, 153.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-A / Alpha-A-globin / Hemoglobin alpha-A chain


分子量: 15300.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phalacrocorax carbo (ウミウ) / 参照: UniProt: P10780
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16130.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phalacrocorax carbo (ウミウ) / 参照: UniProt: P10782
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 500mM NaCl, 10% Glycerol., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月11日 / 詳細: Osmic Confocal MAX-FLUX mirror optics
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→13.08 Å / Num. obs: 2936 / % possible obs: 77.2 %
反射 シェル解像度: 3.5→13.08 Å / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FAW

1faw


解像度: 3.5→13.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.787 / SU B: 40.994 / SU ML: 0.657 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.976 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26513 282 9.6 %RANDOM
Rwork0.18785 ---
obs0.19582 2654 77.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å2-0 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→13.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2217 0 86 1 2304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9893250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74935225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29323.72394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92415375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3990.9541146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3990.9531145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7421.4231429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7411.4241430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1970.9351229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1970.9361227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.4011.3881821
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.5357.412885
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.5357.4092886
LS精密化 シェル解像度: 3.502→3.586 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 17 -
Rwork0.188 182 -
obs--80.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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