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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wmw | ||||||
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タイトル | GalE-like L-Threonine dehydrogenase from Cupriavidus necator (apo form) | ||||||
![]() | NAD dependent epimerase/dehydratase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / dehydrogenase / NAD+ binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakano, S. / Okazaki, S. / Tokiwa, H. / Asano, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of NAD+ and L-Threonine Induces Stepwise Structural and Flexibility Changes in Cupriavidus necator L-Threonine Dehydrogenase 著者: Nakano, S. / Okazaki, S. / Tokiwa, H. / Asano, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 313 / Label seq-ID: 25 - 333
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38874.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20%(w/v) PEG3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→48.8 Å / Num. obs: 31326 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A4V 解像度: 2.25→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.534 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.762 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.8 Å
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拘束条件 |
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