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- PDB-3wmi: Crystal structure of EIAV wild type gp45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wmi
タイトルCrystal structure of EIAV wild type gp45
要素(EIAV gp45 wild type) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / alpha-helix / virus fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gp90 envelope polyprotein of equine infectious anemia virus (EIAV) / EIAV coat protein, gp90 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Equine (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, X. / Du, J. / Qiao, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A mutation associated with EIAV vaccine strain within heptad repeat of EIAV gp45 provides insight into vaccine development for HIV
著者: Liu, X. / Du, J. / Qiao, W.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EIAV gp45 wild type
B: EIAV gp45 wild type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0292
ポリマ－11,0292
非ポリマー00
水3,297183
1
A: EIAV gp45 wild type
B: EIAV gp45 wild type

A: EIAV gp45 wild type
B: EIAV gp45 wild type

A: EIAV gp45 wild type
B: EIAV gp45 wild type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0876
ポリマ－33,0876
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.051, 47.051, 101.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

21A-608-

HOH

31A-624-

HOH

41A-644-

HOH

51A-654-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EIAV gp45 wild type


分子量: 6578.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equine (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2E2L9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド EIAV gp45 wild type


分子量: 4450.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equine (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2E2L9*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE MUTATION OF THE GP45 IN POSITION 505, IN WILD TYPE IS 505VAL AND IN VACCINE IS 505THR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 2M NaCl, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.824 Å / Num. obs: 10074 / % possible obs: 11 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.824 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 481 4.8 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
all0.1783 ---
obs0.1778 10028 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数773 0 0 183 956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7881068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.691279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-2.17520.2271690.1712315399
2.1752-2.74030.22011690.17913161100
2.7403-31.82880.23571430.1747323399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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