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万見
- PDB-3wmc: Crystal structure of insect beta-N-acetyl-D-hexosaminidase OfHex1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wmc
タイトルCrystal structure of insect beta-N-acetyl-D-hexosaminidase OfHex1 complexed with naphthalimide derivative Q2
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / chitinase / glycosyl hydrolase / insect / Ostrinia furnacalis
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NF6 / Chitooligosaccharidolytic beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Chen, L. / Zhou, Y. / Chen, L. / Yang, Q.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: A crystal structure-guided rational design switching non-carbohydrate inhibitors' specificity between two beta-GlcNAcase homologs
著者: Liu, T. / Guo, P. / Zhou, Y. / Wang, J. / Chen, L. / Yang, H. / Qian, X. / Yang, Q.
履歴
登録2013年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3904
ポリマ－65,5521
非ポリマー8383
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子

A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7808
ポリマ－131,1042
非ポリマー1,6766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_557x-y,-y,-z+7/31
Buried area7070 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area39810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.014, 108.014, 175.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-761-

HOH

21A-912-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase


分子量: 65551.906 Da / 分子数: 1 / 変異: F243L, L570F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
遺伝子: OfHex1 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q06GJ0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-NF6 / 6-(dimethylamino)-2-(2-{[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)methyl]amino}ethyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione


分子量: 395.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O2S
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100mM HEPES, 100mM MgCl2, 35% PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→50 Å / Num. obs: 103986 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 23.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 17.56
反射 シェル解像度: 2.095→2.14 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 7.43 / Num. unique all: 3449 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NSN

3nsn


解像度: 2.095→36.537 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8802 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 3039 2.92 %random
Rwork0.162 ---
obs0.1626 103986 77.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.1 Å2 / Biso mean: 32.8357 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→36.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 56 426 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1296553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3111765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004837
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0948-2.12750.2103660.20452020208634
2.1275-2.16240.1717750.20412486256142
2.1624-2.19970.2023840.20173035311951
2.1997-2.23970.23921110.2043442355359
2.2397-2.28270.22271090.20313669377861
2.2827-2.32930.23011130.19463746385963
2.3293-2.380.21391160.18713876399265
2.38-2.43530.21731120.19363993410567
2.4353-2.49620.20881250.18514169429470
2.4962-2.56370.19121430.16824474461775
2.5637-2.63910.17021490.17034748489780
2.6391-2.72420.21121430.16654992513584
2.7242-2.82160.21211560.16495249540588
2.8216-2.93450.19091590.1635374553391
2.9345-3.0680.19631630.16685533569693
3.068-3.22960.18531720.16175679585196
3.2296-3.43190.17391800.165793597397
3.4319-3.69660.15581760.14455825600198
3.6966-4.06820.16091670.14325828599598
4.0682-4.65580.13831700.13485585575594
4.6558-5.86190.18731740.14625800597498
5.8619-36.54230.17621760.17645631580794
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.3226 Å / Origin y: 13.3584 Å / Origin z: 192.8237 Å
111213212223313233
T0.1834 Å2-0.0595 Å2-0.0063 Å2-0.0392 Å20.0083 Å2--0.1746 Å2
L0.4629 °2-0.1572 °20.096 °2-0.7157 °20.0789 °2--2.6932 °2
S-0.1292 Å °0.0688 Å °0.0749 Å °-0.1185 Å °0.109 Å °-0.0514 Å °-0.5195 Å °0.0387 Å °0.0118 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA23 - 594
2X-RAY DIFFRACTION1allA601 - 603
3X-RAY DIFFRACTION1allA701 - 1126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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